Genomic Analysis of the Necrotrophic Fungal Pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea

• Joelle Amselem ,

  Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud

  * E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)

  Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Christina A. Cuomo ,

  Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud

  * E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Jan A. L. van Kan ,

  Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud

  * E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)

  Affiliation Laboratory of Phytopathology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands

  ⨯
• Muriel Viaud ,

  Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud

  * E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Ernesto P. Benito,

  Affiliation Departamento de Microbiología y Genética, Centro Hispano-Luso de Investigaciones Agrarias, Universidad de Salamanca, Salamanca, Spain

  ⨯
• Arnaud Couloux,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Pedro M. Coutinho,

  Affiliation Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR6098, CNRS – Université de la Méditerranée et Université de Provence, Marseille, France

  ⨯
• Ronald P. de Vries,

  Affiliations Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands, CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre, Utrecht, The Netherlands

  ⨯
• Paul S. Dyer,

  Affiliation School of Biology, University of Nottingham, Nottingham, United Kingdom

  ⨯
• Sabine Fillinger,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Elisabeth Fournier,

  Affiliations Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite, CIRAD – INRA – SupAgro, Montpellier, France

  ⨯
• Lilian Gout,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Matthias Hahn,

  Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany

  ⨯
• Linda Kohn,

  Affiliation Biology Department, University of Toronto, Mississauga, Canada

  ⨯
• Nicolas Lapalu,

  Affiliation Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France

  ⨯
• Kim M. Plummer,

  Affiliation Botany Department, La Trobe University, Melbourne, Australia

  ⨯
• Jean-Marc Pradier,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Emmanuel Quévillon,

  Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Amir Sharon,

  Affiliation Department of Molecular Biology and Ecology of Plants, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel

  ⨯
• Adeline Simon,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Arjen ten Have,

  Affiliation Instituto de Investigaciones Biologicas – CONICET, Universidad Nacional de Mar del Plata, Mar del Plata, Argentina

  ⨯
• Bettina Tudzynski,

  Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany

  ⨯
• Paul Tudzynski,

  Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany

  ⨯
• Patrick Wincker,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Marion Andrew,

  Affiliation Biology Department, University of Toronto, Mississauga, Canada

  ⨯
• Véronique Anthouard,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Ross E. Beever †,

  † Deceased.

  Affiliation Landcare Research, Auckland, New Zealand

  ⨯
• Rolland Beffa,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Isabelle Benoit,

  Affiliation Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands

  ⨯
• Ourdia Bouzid,

  Affiliation Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands

  ⨯
• Baptiste Brault,

  Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Zehua Chen,

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Mathias Choquer,

  Affiliations Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Jérome Collémare,

  Affiliations Laboratory of Phytopathology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Pascale Cotton,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Etienne G. Danchin,

  Affiliation Interactions Biotiques et Santé Plantes, UMR5240, INRA – Université de Nice Sophia-Antipolis – CNRS, Sophia-Antipolis, France

  ⨯
• Corinne Da Silva,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Angélique Gautier,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Corinne Giraud,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Tatiana Giraud,

  Affiliation Laboratoire d'Ecologie, Systématique et Evolution, Université Paris-Sud – CNRS – AgroParisTech, Orsay, France

  ⨯
• Celedonio Gonzalez,

  Affiliation Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Universidad de La Laguna, Tenerife, Spain

  ⨯
• Sandrine Grossetete,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Ulrich Güldener,

  Affiliation Helmholtz Zentrum München, German Research Center for Environmental Health, Institute of Bioinformatics and Systems Biology, Neuherberg, Germany

  ⨯
• Bernard Henrissat,

  Affiliation Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR6098, CNRS – Université de la Méditerranée et Université de Provence, Marseille, France

  ⨯
• Barbara J. Howlett,

  Affiliation School of Botany, University of Melbourne, Melbourne, Australia

  ⨯
• Chinnappa Kodira,

  Current address: 454 Life Sciences, Branford, Connecticut, United States of America

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Matthias Kretschmer,

  Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany

  ⨯
• Anne Lappartient,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Michaela Leroch,

  Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany

  ⨯
• Caroline Levis,

  Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France

  ⨯
• Evan Mauceli,

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Cécile Neuvéglise,

  Affiliation Biologie Intégrative du Métabolisme Lipidique Microbien, UMR1319, INRA – Micalis – AgroParisTech, Thiverval-Grignon, France

  ⨯
• Birgitt Oeser,

  Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany

  ⨯
• Matthew Pearson,

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Julie Poulain,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Nathalie Poussereau,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Hadi Quesneville,

  Affiliation Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France

  ⨯
• Christine Rascle,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Julia Schumacher,

  Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany

  ⨯
• Béatrice Ségurens,

  Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France

  ⨯
• Adrienne Sexton,

  Affiliation School of Botany, University of Melbourne, Melbourne, Australia

  ⨯
• Evelyn Silva,

  Affiliation Fundacion Ciencia para la Vida and Facultad de Ciencias Biologicas, Universidad Andres Bello, Santiago, Chile

  ⨯
• Catherine Sirven,

  Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
• Darren M. Soanes,

  Affiliation School of Biosciences, University of Exeter, Exeter, United Kingdom

  ⨯
• Nicholas J. Talbot,

  Affiliation School of Biosciences, University of Exeter, Exeter, United Kingdom

  ⨯
• Matt Templeton,

  Affiliation Plant and Food Research, Mt. Albert Research Centre, Auckland, New Zealand

  ⨯
• Chandri Yandava,

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Oded Yarden,

  Affiliation Department of Plant Pathology and Microbiology, Hebrew University Jerusalem, Rehovot, Israel

  ⨯
• Qiandong Zeng,

  Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America

  ⨯
• Jeffrey A. Rollins ,

  ¶These authors were joint senior authors on this work.

  Affiliation Department of Plant Pathology, University of Florida, Gainesville, Florida, United States of America

  ⨯
• Marc-Henri Lebrun ,

  ¶These authors were joint senior authors on this work.

  Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France

  ⨯
•  [ ... ],
• Marty Dickman

  ¶These authors were joint senior authors on this work.

  Affiliation Institute for Plant Genomics and Biotechnology, Borlaug Genomics and Bioinformatics Center, Department of Plant Pathology and Microbiology, Texas A&M University, College Station, Texas, United States of America

  ⨯
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