About the Authors

Marie Touchon

Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

Affiliations Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

Claire Hoede

Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Olivier Tenaillon

Contributed equally to this work with: Marie Touchon, Claire Hoede, Olivier Tenaillon

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Valérie Barbe

Affiliation Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

Simon Baeriswyl

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

Philippe Bidet

Affiliation Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

Edouard Bingen

Affiliation Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

Stéphane Bonacorsi

Affiliation Université Paris 7 Denis Diderot, Hôpital Robert Debré (APHP), EA 3105, Paris, France

Christiane Bouchier

Affiliation Plate-Forme Génomique, Institut Pasteur, Paris, France

Odile Bouvet

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Alexandra Calteau

Affiliation Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

Hélène Chiapello

Affiliation UR1077 Mathématique, Informatique, et Génome, INRA, Jouy en Josas, France

Olivier Clermont

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Stéphane Cruveiller

Affiliation Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

Antoine Danchin

Affiliation Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

Médéric Diard

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

Carole Dossat

Affiliation Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

Meriem El Karoui

Affiliation UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

Eric Frapy

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

Louis Garry

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Jean Marc Ghigo

Affiliation Unité de Génétique des Biofilms, Institut Pasteur, CNRS URA2172, Paris, France

Anne Marie Gilles

Affiliation Unité de Génétique des Génomes Bactériens, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

James Johnson

Affiliations Veterans Affairs Medical Center, Minneapolis, Minnesota, United States of America, Department of Medicine, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota, United States of America

Chantal Le Bouguénec

Affiliation Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

Mathilde Lescat

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Sophie Mangenot

Affiliation Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

Vanessa Martinez-Jéhanne

Affiliation Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

Ivan Matic

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

Xavier Nassif

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U570, Paris, France

Sophie Oztas

Affiliation Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

Marie Agnès Petit

Affiliation UR888 Unité des Bactéries Lactiques et Pathogènes Opportunistes, INRA, Jouy en Josas, France

Christophe Pichon

Affiliation Pathogénie Bactérienne des Muqueuses, Institut Pasteur, Paris, France

Zoé Rouy

Affiliation Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

Claude Saint Ruf

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 5 René Descartes, INSERM U571, Paris, France

Dominique Schneider

Affiliation Université Grenoble 1 Joseph Fourier, CNRS UMR 5163, Grenoble, France

Jérôme Tourret

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Benoit Vacherie

Affiliation Génoscope, Institut de Génomique, CEA, Evry, France

David Vallenet

Affiliation Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

Claudine Médigue

cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

Affiliation Laboratoire de Génomique Comparative, CNRS UMR8030, Institut de Génomique, CEA, Génoscope, Evry, France

Eduardo P. C. Rocha

cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

Affiliations Atelier de BioInformatique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paris, France, Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS URA2171, Paris, France

Erick Denamur

cmedigue@genoscope.cns.fr (CM); erocha@pasteur.fr (EPCR); erick.denamur@inserm.fr (ED)

Affiliation Faculté de Médecine, Université Paris 7 Denis Diderot, INSERM U722, Site Xavier Bichat, Paris, France

Competing Interests

The authors have declared that no competing interests exist.

Author Contributions

Conceived and designed the experiments: OT VB EPCR ED. Performed the experiments: VB CB OC CD LG SM SO BV. Analyzed the data: MT CH OT VB SB PB EB SB OB AC HC SC AD MD MEK EF JMG AMG JJ CLB ML VMJ IM XN MAP CP ZR CSR DS JT DV CM EPCR ED. Contributed reagents/materials/analysis tools: MT CH OT VB CM EPCR. Wrote the paper: MT CH OT JJ CM EPCR ED.