Rifampicin exposure reveals within-host Mycobacterium tuberculosis diversity in patients with delayed culture conversion

• Charlotte Genestet ,

  Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Supervision, Validation, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

  * E-mail: charlotte.genestet@gmail.com

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0001-6846-4053

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• Elisabeth Hodille,

  Roles Data curation, Formal analysis, Investigation, Validation, Visualization, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0002-5144-1987

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• Alexia Barbry,

  Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

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• Jean-Luc Berland,

  Roles Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Software, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0002-6337-3715

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• Jonathan Hoffmann,

  Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

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• Emilie Westeel,

  Roles Software, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

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• Fabiola Bastian,

  Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

  Affiliation Plateforme DTAMB, CNRS, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

  https://orcid.org/0000-0002-1685-7530

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• Michel Guichardant,

  Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

  Affiliation CarMeN laboratory, INSA Lyon, INSERM U1060, INRA U1397, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

  https://orcid.org/0000-0003-1808-1833

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• Samuel Venner,

  Roles Formal analysis, Funding acquisition, Writing – review & editing

  Affiliation Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, CNRS UMR 5558, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

  https://orcid.org/0000-0001-7127-3733

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• Gérard Lina,

  Roles Funding acquisition, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0002-9236-7998

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• Christophe Ginevra,

  Roles Formal analysis, Methodology, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

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• Florence Ader,

  Roles Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Service des Maladies infectieuses et tropicales, Lyon, France

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• Sylvain Goutelle,

  Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Methodology, Project administration, Resources, Supervision, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

  Affiliations Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, CNRS UMR 5558, Université Lyon 1, Villeurbanne, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Service pharmaceutique, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0002-1853-2932

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• Oana Dumitrescu

  Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Methodology, Project administration, Resources, Supervision, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

  Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France

  https://orcid.org/0000-0001-8193-1437

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