About the Authors

Charlotte Genestet

Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Supervision, Validation, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

charlotte.genestet@gmail.com

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

Elisabeth Hodille

Roles Data curation, Formal analysis, Investigation, Validation, Visualization, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

Alexia Barbry

Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

Jean-Luc Berland

Roles Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Software, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

Jonathan Hoffmann

Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

Emilie Westeel

Roles Software, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Fondation Mérieux, Emerging Pathogens Laboratory, Lyon, France

Fabiola Bastian

Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

Affiliation Plateforme DTAMB, CNRS, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

Michel Guichardant

Roles Formal analysis, Investigation, Validation, Writing – review & editing

Affiliation CarMeN laboratory, INSA Lyon, INSERM U1060, INRA U1397, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

Samuel Venner

Roles Formal analysis, Funding acquisition, Writing – review & editing

Affiliation Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, CNRS UMR 5558, Université Lyon 1, Villeurbanne, France

Gérard Lina

Roles Funding acquisition, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France

Christophe Ginevra

Roles Formal analysis, Methodology, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France

Florence Ader

Roles Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Service des Maladies infectieuses et tropicales, Lyon, France

Sylvain Goutelle

Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Methodology, Project administration, Resources, Supervision, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

Affiliations Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, CNRS UMR 5558, Université Lyon 1, Villeurbanne, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Service pharmaceutique, Lyon, France

Oana Dumitrescu

Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Funding acquisition, Methodology, Project administration, Resources, Supervision, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

Affiliations CIRI—Centre International de Recherche en Infectiologie, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Claude Bernard Lyon-1, Inserm U1111, CNRS UMR5308, Lyon, France, Hospices Civils de Lyon, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire de bactériologie, Lyon, France, Université Lyon 1, Facultés de Médecine et de Pharmacie de Lyon, Lyon, France

Competing Interests

The authors have declared that no competing interests exist.