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Peer-reviewed
Research Article
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph
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Guillaume Gautreau,
Roles Data curation, Formal analysis, Investigation, Methodology, Software, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Adelme Bazin,
Roles Data curation, Formal analysis, Investigation, Software, Writing – original draft, Writing – review & editing
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Mathieu Gachet,
Roles Data curation
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Rémi Planel,
Roles Data curation
Current address: Hub de Bioinformatique et Biostatistique - Département Biologie Computationnelle, Institut Pasteur, USR 3756 CNRS, Paris, France
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Laura Burlot,
Roles Data curation
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Mathieu Dubois,
Roles Data curation, Writing – review & editing
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Amandine Perrin,
Roles Data curation
Affiliations Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS, UMR3525, Paris, France, Sorbonne Université, Collège doctoral, Paris, France
⨯ -
Claudine Médigue,
Roles Writing – review & editing
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Alexandra Calteau,
Roles Writing – review & editing
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Stéphane Cruveiller,
Roles Writing – review & editing
Current address: PathoQuest SAS, BioPark – bâtiment B, 11 rue Watt, 75013 Paris, France
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
⨯ -
Catherine Matias,
Roles Methodology, Writing – review & editing
Affiliation Laboratoire de Probabilités, Statistique et Modélisation, Sorbonne Université, Université de Paris, Centre National de la Recherche Scientifique, Paris, France
⨯ -
Christophe Ambroise,
Roles Methodology, Writing – review & editing
Affiliation Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d’Evry, UMR CNRS 8071, Université d’Evry Val d’Essonne, Evry, France
⨯ -
Eduardo P. C. Rocha,
Roles Writing – original draft, Writing – review & editing
Affiliation Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur, CNRS, UMR3525, Paris, France
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David Vallenet
Roles Conceptualization, Supervision, Writing – original draft, Writing – review & editing
* E-mail: vallenet@genoscope.cns.fr
Affiliation LABGeM, Génomique Métabolique, CEA, Genoscope, Institut François Jacob, Université d’Évry, Université Paris-Saclay, CNRS, Evry, France
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PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph
- Guillaume Gautreau,
- Adelme Bazin,
- Mathieu Gachet,
- Rémi Planel,
- Laura Burlot,
- Mathieu Dubois,
- Amandine Perrin,
- Claudine Médigue,
- Alexandra Calteau,
- Stéphane Cruveiller
![PLOS](/resource/img/logo-plos.png)
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- Published: March 19, 2020
- https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007732