A bioinformatics pipeline for Mycobacterium tuberculosis sequencing that cleans contaminant reads from sputum samples

• Betzaida Cuevas-Córdoba ,

  Contributed equally to this work with: Betzaida Cuevas-Córdoba, Cristóbal Fresno

  Roles Conceptualization, Data curation, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Supervision, Validation, Visualization, Writing – original draft, Writing – review & editing

  Affiliations Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México, Instituto de Investigaciones Biológicas, Universidad Veracruzana, Xalapa, Veracruz, México

  https://orcid.org/0000-0002-6528-9998

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• Cristóbal Fresno ,

  Contributed equally to this work with: Betzaida Cuevas-Córdoba, Cristóbal Fresno

  Roles Conceptualization, Data curation, Formal analysis, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Supervision, Validation, Visualization, Writing – original draft

  Current address: Centro de Investigación en Ciencias de la Salud (CICSA), Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Anáhuac México Campus Norte, Naucalpan de Juárez, Edo. de México, México

  Affiliation Departamento de Desarrollo Tecnológico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

  https://orcid.org/0000-0003-2039-5188

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• Joshua I. Haase-Hernández,

  Roles Data curation, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Validation, Visualization, Writing – original draft

  Affiliation Departamento de Desarrollo Tecnológico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

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• Martín Barbosa-Amezcua,

  Roles Data curation, Investigation, Methodology, Project administration, Software, Validation, Writing – original draft

  Affiliation Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

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• Minerva Mata-Rocha,

  Roles Investigation, Resources

  Affiliation Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

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• Marcela Muñoz-Torrico,

  Roles Resources

  Affiliation Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México

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• Miguel A. Salazar-Lezama,

  Roles Resources

  Affiliation Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México

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• José A. Martínez-Orozco,

  Roles Resources

  Affiliation Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México

  https://orcid.org/0000-0002-9708-5631

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• Luis A. Narváez-Díaz,

  Roles Resources

  Affiliation Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México

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• Jorge Salas-Hernández,

  Roles Resources

  Affiliation Clínica de Tuberculosis y Enfermedades Pleurales, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER), Ciudad de México, México

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• Vanessa González-Covarrubias ,

  Roles Funding acquisition, Investigation, Supervision, Writing – original draft, Writing – review & editing

  * E-mail: soberon@ibt.unam.mx (XS); vgonzalez@inmegen.gob.mx (VGC)

  Affiliation Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

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• Xavier Soberón

  Roles Conceptualization, Funding acquisition, Investigation, Supervision, Writing – review & editing

  * E-mail: soberon@ibt.unam.mx (XS); vgonzalez@inmegen.gob.mx (VGC)

  Current address: Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México

  Affiliation Laboratorio de Farmacogenómica, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Ciudad de México, México

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