Combined bacterial and fungal intestinal microbiota analyses: Impact of storage conditions and DNA extraction protocols

• Cécile Angebault,

  Roles Conceptualization, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Methodology, Writing – original draft, Writing – review & editing

  Affiliations Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie clinique, Hôpital Necker-Enfants-Malades, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (APHP), Paris, France, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris-Cité, Paris, France, Unité de Parasitologie-Mycologie, Département de Virologie, Bactériologie-Hygiène, Mycologie-Parasitologie, Unité transversale du traitement des infections (VBHMP–UT2I), DHU-VIC, CHU Henri Mondor, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (APHP), Créteil, France, EA Dynamyc 7380 UPEC, ENVA, Faculté de Médecine de Créteil, Créteil

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• Amine Ghozlane,

  Roles Data curation, Formal analysis, Methodology, Software, Writing – review & editing

  Affiliation Institut Pasteur, Bioinformatics and Biostatistics Hub—C3BI—USR 3756 IP CNRS, Paris, France

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• Stevenn Volant,

  Roles Formal analysis, Methodology, Software, Writing – review & editing

  Affiliation Institut Pasteur, Bioinformatics and Biostatistics Hub—C3BI—USR 3756 IP CNRS, Paris, France

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• Françoise Botterel,

  Roles Conceptualization, Validation, Writing – review & editing

  Affiliations Unité de Parasitologie-Mycologie, Département de Virologie, Bactériologie-Hygiène, Mycologie-Parasitologie, Unité transversale du traitement des infections (VBHMP–UT2I), DHU-VIC, CHU Henri Mondor, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (APHP), Créteil, France, EA Dynamyc 7380 UPEC, ENVA, Faculté de Médecine de Créteil, Créteil

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• Christophe d’Enfert,

  Roles Methodology, Validation, Writing – review & editing

  Affiliation Institut Pasteur, INRA, Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques, Département Mycologie, Paris, France

  http://orcid.org/0000-0002-6235-3886

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• Marie-Elisabeth Bougnoux

  Roles Conceptualization, Formal analysis, Funding acquisition, Investigation, Methodology, Project administration, Supervision, Writing – original draft, Writing – review & editing

  * E-mail: marie-elisabeth.bougnoux@aphp.fr, mbougnoux6@gmail.com

  Affiliations Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie clinique, Hôpital Necker-Enfants-Malades, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (APHP), Paris, France, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris-Cité, Paris, France, Institut Pasteur, INRA, Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques, Département Mycologie, Paris, France

  http://orcid.org/0000-0003-4721-2740

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