Organism Ala_GCU Ala_GCC Ala_GCA Ala_GCG Cys_UGU Cys_UGC Asp_GAU Asp_GAC Glu_GAA Glu_GAG Phe_UUU Phe_UUC Gly_GGU Gly_GGC Gly_GGA Gly_GGG His_CAU His_CAC Ile_AUU Ile_AUC Ile_AUA Lys_AAA Lys_AAG Leu_UUA Leu_UUG Leu_CUU Leu_CUC Leu_CUA Leu_CUG Met_AUG Asn_AAU Asn_AAC Pro_CCU Pro_CCC Pro_CCA Pro_CCG Gln_CAA Gln_CAG Arg_CGU Arg_CGC Arg_CGA Arg_CGG Arg_AGA Arg_AGG Ser_UCU Ser_UCC Ser_UCA Ser_UCG Ser_AGU Ser_AGC Thr_ACU Thr_ACC Thr_ACA Thr_ACG Val_GUU Val_GUC Val_GUA Val_GUG Trp_UGG Tyr_UAU Tyr_UAC Ter_UAA Ter_UAG Ter_UGA Acetobacter malorum 0.22535 0.35211 0.21127 0.21127 0.33333 0.66667 0.625 0.375 0.79412 0.20588 0.42857 0.57143 0.32075 0.58491 0 0.09434 0.42857 0.57143 0.5 0.5 0 0.25 0.75 0 0 0.11111 0.14815 0 0.74074 1 0.15789 0.84211 0.1 0.2 0.025 0.675 0 1 0.37838 0.45946 0 0.13514 0.02703 0 0.15385 0.34615 0.07692 0.03846 0 0.38462 0.0303 0.39394 0.18182 0.39394 0.32432 0.16216 0.02703 0.48649 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Acinetobacter johnsonii XBB1 0.16667 0.25 0.29167 0.29167 1 0 0.67742 0.32258 0.81818 0.18182 0.8 0.2 0.7027 0.24324 0 0.05405 0.71429 0.28571 0.69565 0.30435 0 0.64286 0.35714 0.36 0.28 0.16 0 0.16 0.04 1 0.57895 0.42105 0.15385 0 0.76923 0.07692 0.80769 0.19231 0.90909 0.04545 0.04545 0 0 0 0.21053 0 0.21053 0.05263 0.36842 0.15789 0.375 0.16667 0.29167 0.16667 0.16667 0.25 0.33333 0.25 0 0.75 0.25 0 1 0 Afipia broomeae ATCC 49717 0.13978 0.50538 0.06452 0.29032 0 1 0.4 0.6 0.5 0.5 0 1 0.13725 0.72549 0.03922 0.09804 0.33333 0.66667 0.06897 0.93103 0 0 1 0 0.10526 0.13158 0.34211 0 0.42105 1 0.11111 0.88889 0.11538 0.13462 0.03846 0.71154 0 1 0.22727 0.65909 0 0.09091 0 0.02273 0.13636 0.09091 0.04545 0.59091 0 0.13636 0.05714 0.71429 0.02857 0.2 0.14286 0.57143 0.04762 0.2381 0 0.66667 0.33333 0 0 1 Alteromonas macleodii ATCC 27126 0.28571 0.10204 0.40816 0.20408 0 0 0.52 0.48 0.78125 0.21875 0.58333 0.41667 0.74419 0.2093 0 0.04651 0 1 0.72 0.28 0 0.64286 0.35714 0.19231 0.07692 0.42308 0 0.23077 0.07692 1 0.38462 0.61538 0.25 0 0.5625 0.1875 0.46154 0.53846 0.6875 0.25 0 0 0.0625 0 0.21429 0 0.17857 0.10714 0.21429 0.28571 0.29167 0.16667 0.20833 0.33333 0.42857 0.08571 0.28571 0.2 0 0.5 0.5 1 0 0 Anaerostipes hadrus DSM 3319 0.16216 0 0.7027 0.13514 1 0 0.80952 0.19048 0.625 0.375 0.7 0.3 0.29268 0 0.60976 0.09756 1 0 0.28125 0.65625 0.0625 0.45455 0.54545 0.3913 0.21739 0.21739 0.04348 0 0.13043 1 0.66667 0.33333 0.26667 0 0.53333 0.2 0.04348 0.95652 0.16667 0.08333 0.08333 0 0.58333 0.08333 0.21429 0.14286 0.21429 0 0.21429 0.21429 0.07143 0.03571 0.82143 0.07143 0.31429 0.25714 0.25714 0.17143 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Anoxybacillus gonensis 0.14894 0.10638 0.23404 0.51064 0 0 0.45 0.55 0.92593 0.07407 0.6 0.4 0.28947 0.28947 0.28947 0.13158 1 0 0.64286 0.32143 0.03571 0.80952 0.19048 0.55556 0.14815 0.14815 0.07407 0.07407 0 1 0.38095 0.61905 0 0 0.57143 0.42857 0.9375 0.0625 0.38889 0.44444 0.05556 0.05556 0.05556 0 0 0.33333 0.25 0.08333 0 0.33333 0.17391 0 0.3913 0.43478 0.22222 0.38889 0.22222 0.16667 0 0 1 1 0 0 Arthrobacter sp. ATCC 21022 0.06349 0.5873 0.2381 0.11111 0 0 0.17647 0.82353 0.5 0.5 0 1 0.3617 0.48936 0.12766 0.02128 0.25 0.75 0.24 0.76 0 0.14286 0.85714 0 0.05556 0.11111 0.33333 0 0.5 1 0.07692 0.92308 0.09091 0.45455 0 0.45455 0 1 0.43478 0.47826 0 0.04348 0 0.04348 0.04167 0.33333 0.04167 0.41667 0 0.16667 0.06667 0.66667 0.13333 0.13333 0.07692 0.69231 0.02564 0.20513 1 0 1 1 0 0 Bacillus mycoides 0.36111 0 0.58333 0.05556 0.5 0.5 0.86486 0.13514 0.85 0.15 0.75862 0.24138 0.41935 0.16129 0.3871 0.03226 0.88889 0.11111 0.83333 0.06667 0.1 0.64444 0.35556 0.51429 0.05714 0.08571 0 0.28571 0.05714 1 0.73684 0.26316 0.28571 0 0.64286 0.07143 0.82353 0.17647 0.25 0.125 0.0625 0.0625 0.5 0 0.2963 0.03704 0.40741 0 0.18519 0.07407 0.22222 0 0.77778 0 0.41935 0.06452 0.3871 0.12903 1 0.81818 0.18182 1 0 0 Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 0.09836 0.45902 0.09836 0.34426 0 1 0.34375 0.65625 0.56522 0.43478 0.09091 0.90909 0.35135 0.51351 0.13514 0 0.5 0.5 0.3 0.7 0 0 1 0 0.03226 0.06452 0.06452 0 0.83871 1 0.23529 0.76471 0 0.09091 0 0.90909 0.04545 0.95455 0.42857 0.35714 0.14286 0.07143 0 0 0.03571 0.46429 0 0.21429 0 0.28571 0.18182 0.72727 0 0.09091 0.06452 0.48387 0.03226 0.41935 1 0 1 1 0 0 Blautia obeum 0.2449 0.22449 0.4898 0.04082 0.33333 0.66667 0.68182 0.31818 0.54167 0.45833 0.54545 0.45455 0.41026 0.17949 0.41026 0 1 0 0.44828 0.51724 0.03448 0.52381 0.47619 0.2 0 0.44 0 0 0.36 1 0.63158 0.36842 0.4 0 0.26667 0.33333 0 1 0.15385 0.07692 0 0 0.76923 0 0.35 0.15 0.15 0 0 0.35 0.25714 0.2 0.51429 0.02857 0.45161 0 0.41935 0.12903 0 0.66667 0.33333 0 1 0 Brevibacillus brevis NBRC 100599 0.29268 0.09756 0.34146 0.26829 0 1 0.42857 0.57143 0.7 0.3 0.15385 0.84615 0.6 0.125 0.175 0.1 0.5 0.5 0.42857 0.57143 0 0.66667 0.33333 0 0.29032 0.12903 0.16129 0 0.41935 1 0.34615 0.65385 0.35714 0 0.35714 0.28571 0.7 0.3 0.42308 0.42308 0.07692 0.03846 0.03846 0 0.22727 0.36364 0 0 0.13636 0.27273 0.3 0.15 0.3 0.25 0.34483 0 0.51724 0.13793 0 0 1 1 0 0 Buchnera aphidicola str. APS (Acyrthosiphon pisum) 0.4375 0.03125 0.5 0.03125 0 0 0.86364 0.13636 0.93548 0.06452 0.83333 0.16667 0.37838 0.05405 0.48649 0.08108 0 1 0.43243 0.08108 0.48649 0.96429 0.03571 0.65625 0.09375 0.09375 0.03125 0.0625 0.0625 1 0.81818 0.18182 0.63636 0.09091 0.27273 0 1 0 0.375 0.125 0.125 0 0.375 0 0.52 0.08 0.2 0 0.12 0.08 0.52381 0.04762 0.38095 0.04762 0.33333 0.1 0.4 0.16667 0 1 0 1 0 0 Burkholderia ubonensis MSMB22 0.03636 0.18182 0.07273 0.70909 0 1 0.11111 0.88889 0.70833 0.29167 0.1 0.9 0.04651 0.90698 0 0.04651 0.28571 0.71429 0 1 0 0 1 0 0.07692 0 0.23077 0 0.69231 1 0.125 0.875 0 0 0 1 0 1 0.19048 0.7619 0 0.04762 0 0 0 0.05263 0 0.63158 0 0.31579 0 0.36 0 0.64 0.02273 0.5 0 0.47727 1 0 1 0 0 1 Butyrivibrio proteoclasticus B316 0.4898 0.08163 0.40816 0.02041 0.25 0.75 0.8 0.2 0.14286 0.85714 0.42857 0.57143 0.52778 0.22222 0.22222 0.02778 1 0 0.48571 0.42857 0.08571 0.13333 0.86667 0.03448 0.06897 0.7931 0.03448 0 0.06897 1 0.71429 0.28571 0.59091 0.04545 0.09091 0.27273 0 1 0.44444 0 0 0 0.44444 0.11111 0.33333 0.05556 0.27778 0 0.11111 0.22222 0.23529 0.11765 0.64706 0 0.65854 0.07317 0.2439 0.02439 0 1 0 1 0 0 Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725 0.30303 0.06061 0.45455 0.18182 0 0 0.54545 0.45455 0.44828 0.55172 0.69231 0.30769 0.38235 0.11765 0.35294 0.14706 0.5 0.5 0.54286 0.08571 0.37143 0.65625 0.34375 0.16 0.12 0.4 0.12 0.04 0.16 1 0.63636 0.36364 0.25 0 0.375 0.375 0.5 0.5 0.1 0 0.1 0 0.8 0 0.16667 0.05556 0.33333 0.16667 0.16667 0.11111 0.33333 0.16667 0.38889 0.11111 0.53333 0.06667 0.2 0.2 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Caulobacter crescentus CB15 0.13043 0.63768 0 0.23188 0 1 0.20833 0.79167 0.37778 0.62222 0 1 0.09091 0.88636 0 0.02273 0 1 0.07143 0.92857 0 0 1 0 0.0303 0.09091 0.09091 0 0.78788 1 0.05556 0.94444 0.05 0.275 0 0.675 0.19231 0.80769 0.39394 0.57576 0 0.0303 0 0 0.08696 0.13043 0 0.6087 0 0.17391 0.12 0.68 0 0.2 0.075 0.525 0.025 0.375 0 0.14286 0.85714 0 0 1 Chania multitudinisentens RB-25 0.26087 0.26087 0.15217 0.32609 1 0 0.44 0.56 0.7931 0.2069 0.53846 0.46154 0.51163 0.37209 0.02326 0.09302 0.75 0.25 0.36364 0.63636 0 0.64706 0.35294 0.03448 0.34483 0.03448 0 0.03448 0.55172 1 0.375 0.625 0.25 0.0625 0.3125 0.375 0.33333 0.66667 0.66667 0.27778 0.05556 0 0 0 0.2 0.33333 0.06667 0.2 0 0.2 0.09091 0.68182 0.09091 0.13636 0.24324 0.10811 0.10811 0.54054 0 0 1 0 1 0 Chromobacterium subtsugae 0.02041 0.5102 0.02041 0.44898 0 1 0.15625 0.84375 0.36364 0.63636 0.04545 0.95455 0.08333 0.875 0.04167 0 0.36364 0.63636 0.28571 0.71429 0 0.22222 0.77778 0 0.13953 0 0 0 0.86047 1 0.25 0.75 0.03846 0.07692 0 0.88462 0.05 0.95 0.03333 0.8 0 0.1 0 0.06667 0 0.21429 0 0.35714 0 0.42857 0.1 0.6 0 0.3 0.02857 0.17143 0.02857 0.77143 1 0.25 0.75 0 0 1 Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus 0.03571 0.44643 0 0.51786 0 0 0 1 0 1 0 1 0.04082 0.85714 0.08163 0.02041 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0.64516 0 0.35484 1 0 1 0.06667 0.53333 0 0.4 0 1 0.05882 0.82353 0 0.11765 0 0 0 0.3 0 0.4 0 0.3 0 0.6875 0 0.3125 0 0.68421 0 0.31579 0 0 1 0 0 1 Clostridium butyricum 0.44186 0.02326 0.48837 0.04651 0 1 0.88 0.12 0.97059 0.02941 0.81818 0.18182 0.37143 0.17143 0.34286 0.11429 1 0 0.48387 0.03226 0.48387 0.69231 0.30769 0.53333 0.1 0.36667 0 0 0 1 0.75 0.25 0.2 0 0.7 0.1 0.81818 0.18182 0.07143 0 0 0 0.92857 0 0.26667 0 0.53333 0.06667 0 0.13333 0.39286 0.03571 0.53571 0.03571 0.48387 0 0.51613 0 0 0.5 0.5 1 0 0 Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 0.21569 0.21569 0.45098 0.11765 0 1 0.475 0.525 0.54054 0.45946 0.15385 0.84615 0.36735 0.44898 0.14286 0.04082 0.25 0.75 0.25 0.75 0 0.09091 0.90909 0 0 0.14286 0.42857 0 0.42857 1 0.09524 0.90476 0.28571 0.07143 0.57143 0.07143 0 1 0.40476 0.59524 0 0 0 0 0.21739 0.47826 0.08696 0.08696 0 0.13043 0.12 0.84 0.04 0 0.22222 0.47222 0.08333 0.22222 0 0 1 1 0 0 Cupriavidus metallidurans CH34 0.11538 0.51923 0.05769 0.30769 0 1 0.21429 0.78571 0.56522 0.43478 0.2 0.8 0.21429 0.78571 0 0 0.5 0.5 0.10526 0.89474 0 0.05882 0.94118 0 0.03704 0.03704 0.14815 0 0.77778 1 0.27273 0.72727 0 0 0 1 0.125 0.875 0.33333 0.66667 0 0 0 0 0.04167 0.16667 0 0.45833 0.04167 0.29167 0.08 0.52 0 0.4 0.02381 0.19048 0 0.78571 1 0 1 0 0 1 Deinococcus radiodurans R1 0.10526 0.55263 0.05263 0.28947 0 0 0.10714 0.89286 0.64 0.36 0 1 0.05263 0.82456 0.05263 0.07018 0 1 0.28 0.72 0 0 1 0 0.03704 0 0.44444 0 0.51852 1 0 1 0 0.72727 0 0.27273 0.16667 0.83333 0 0.88462 0 0.07692 0.03846 0 0 0.13333 0 0.26667 0 0.6 0 0.82353 0 0.17647 0.02941 0.38235 0 0.58824 0 0.11111 0.88889 1 0 0 Eisenbergiella tayi 0.23077 0.30769 0.10256 0.35897 0 1 0.66667 0.33333 0.63158 0.36842 0.44444 0.55556 0.28205 0.25641 0.46154 0 0.66667 0.33333 0.35484 0.6129 0.03226 0.25 0.75 0 0.07692 0.46154 0.03846 0 0.42308 1 0.76471 0.23529 0.34783 0.34783 0 0.30435 0 1 0.22222 0.11111 0 0 0.44444 0.22222 0.05882 0.29412 0 0.17647 0.17647 0.29412 0.03226 0.48387 0.22581 0.25806 0.48571 0.14286 0.2 0.17143 0 0.4 0.6 1 0 0 Ensifer adhaerens 0.14943 0.52874 0.14943 0.17241 0 1 0.26471 0.73529 0.7027 0.2973 0.375 0.625 0.22222 0.77778 0 0 0.14286 0.85714 0.03226 0.96774 0 0 1 0 0.02703 0.05405 0.59459 0 0.32432 1 0.0625 0.9375 0 0.08333 0 0.91667 0.0566 0.9434 0.16279 0.76744 0 0.06977 0 0 0 0.21053 0 0.63158 0 0.15789 0.03125 0.75 0 0.21875 0.23913 0.58696 0.08696 0.08696 0 1 0 0 0 1 Escherichia coli IAI39 0.31915 0.02128 0.25532 0.40426 0 0 0.5 0.5 0.73077 0.26923 0.46154 0.53846 0.5 0.38095 0.07143 0.04762 0.33333 0.66667 0.22727 0.77273 0 0.58824 0.41176 0 0.10345 0.06897 0 0 0.82759 1 0.5625 0.4375 0.06667 0.06667 0.4 0.46667 0.35714 0.64286 0.5 0.5 0 0 0 0 0.58333 0.25 0 0 0 0.16667 0.375 0.375 0.16667 0.08333 0.34211 0.21053 0.15789 0.28947 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Geobacillus subterraneus 0.1 0.18 0.16 0.56 0 0 0.55556 0.44444 0.75 0.25 0.5 0.5 0.07895 0.5 0.15789 0.26316 0 1 0.40741 0.59259 0 0.72222 0.27778 0.14286 0.28571 0.10714 0.21429 0.03571 0.21429 1 0.19048 0.80952 0 0 0.1875 0.8125 0.6 0.4 0.14286 0.52381 0 0.33333 0 0 0 0.17647 0.05882 0.41176 0.05882 0.29412 0 0.18182 0.27273 0.54545 0.11765 0.5 0.08824 0.29412 0 0.5 0.5 1 0 0 Geobacter sulfurreducens PCA 0.1 0.625 0.075 0.2 0 1 0.16667 0.83333 0.34615 0.65385 0.125 0.875 0.20513 0.53846 0.07692 0.17949 0 1 0.25 0.75 0 0.16667 0.83333 0 0 0.125 0.5 0 0.375 1 0.25 0.75 0 0.5 0 0.5 0.13333 0.86667 0 0.65 0 0.3 0 0.05 0 0.53846 0 0.19231 0 0.26923 0.05556 0.88889 0 0.05556 0.11765 0.26471 0.08824 0.52941 0 0 1 0 1 0 Gluconobacter oxydans 621H 0.14286 0.41429 0.17143 0.27143 0 0 0.33333 0.66667 0.77778 0.22222 0.07143 0.92857 0.22222 0.66667 0.04444 0.06667 0.5 0.5 0.27273 0.72727 0 0.125 0.875 0 0.03125 0.09375 0.21875 0.03125 0.625 1 0.38462 0.61538 0.09302 0.23256 0.04651 0.62791 0.02778 0.97222 0.27027 0.56757 0 0.16216 0 0 0.04 0.52 0.04 0.16 0 0.24 0.1 0.375 0.075 0.45 0.24138 0.51724 0 0.24138 0 0.25 0.75 0 0 1 Halomonas boliviensis LC1 0.31579 0.22807 0.21053 0.24561 0 1 0.63636 0.36364 0.6129 0.3871 0.5 0.5 0.45 0.375 0.05 0.125 0 1 0.27273 0.63636 0.09091 0.53333 0.46667 0.13793 0.27586 0.06897 0.06897 0.06897 0.37931 1 0.46154 0.53846 0.22222 0.33333 0.27778 0.16667 0.33333 0.66667 0.5 0.45833 0.04167 0 0 0 0.25 0.2 0.05 0.2 0.1 0.2 0.21739 0.34783 0.17391 0.26087 0.35294 0.20588 0.17647 0.26471 0 0.5 0.5 0 0 1 Ketogulonicigenium vulgare WSH-001 0.08451 0.40845 0.08451 0.42254 0 1 0.6 0.4 0.39535 0.60465 0.46154 0.53846 0.34091 0.56818 0.02273 0.06818 0.5 0.5 0.16667 0.83333 0 0.16667 0.83333 0 0.1 0.06667 0.13333 0 0.7 1 0.52632 0.47368 0.05882 0.37255 0 0.56863 0.25641 0.74359 0.4359 0.51282 0 0.05128 0 0 0.05263 0.10526 0 0.63158 0.05263 0.15789 0.03846 0.57692 0.07692 0.30769 0.22727 0.31818 0 0.45455 0 0.75 0.25 1 0 0 Lactobacillus amylovorus 0.61702 0.17021 0.19149 0.02128 0 0 0.7027 0.2973 0.94286 0.05714 0.64286 0.35714 0.7 0.15 0.125 0.025 0.4 0.6 0.71429 0.28571 0 0.34483 0.65517 0.29167 0.33333 0.375 0 0 0 1 0.35714 0.64286 0.38095 0 0.61905 0 1 0 0.61538 0.07692 0.07692 0 0.23077 0 0.23077 0.03846 0.34615 0 0.30769 0.07692 0.64516 0.12903 0.22581 0 0.72222 0.05556 0.16667 0.05556 1 0 1 0 1 0 Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 0.45238 0.11905 0.33333 0.09524 0 0 0.68 0.32 0.96774 0.03226 0.66667 0.33333 0.65909 0.13636 0.13636 0.06818 0.5 0.5 0.66667 0.33333 0 0.78571 0.21429 0.1 0.43333 0.43333 0.03333 0 0 1 0.52174 0.47826 0.3125 0 0.625 0.0625 1 0 0.85 0.15 0 0 0 0 0.25 0 0.5 0 0.16667 0.08333 0.54054 0 0.43243 0.02703 0.69697 0 0.24242 0.06061 1 0 1 1 0 0 Methylobacterium aquaticum 0.02885 0.69231 0 0.27885 0 1 0.07407 0.92593 0.05128 0.94872 0.07143 0.92857 0.02 0.94 0 0.04 0.28571 0.71429 0.02857 0.97143 0 0 1 0 0 0 0.42857 0 0.57143 1 0 1 0 0.18644 0 0.81356 0.10811 0.89189 0.04348 0.71739 0 0.23913 0 0 0 0.34783 0 0.52174 0 0.13043 0 0.86207 0 0.13793 0 0.53488 0.02326 0.44186 0 0 1 0 0 1 Microbacterium foliorum 0.03846 0.5 0.05769 0.40385 0 0 0.17857 0.82143 0.24138 0.75862 0.09091 0.90909 0.35714 0.40476 0.21429 0.02381 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0.78788 0 0.21212 1 0 1 0.125 0.375 0 0.5 0 1 0.21053 0.73684 0 0.05263 0 0 0 0.2 0 0.35 0 0.45 0 0.6087 0 0.3913 0 0.64865 0.02703 0.32432 0 0 1 0 0 1 Neorhizobium galegae bv. orientalis str. HAMBI 540 0.18889 0.46667 0.15556 0.18889 0 1 0.30769 0.69231 0.63043 0.36957 0.26667 0.73333 0.33333 0.64444 0.02222 0 0.30769 0.69231 0.1875 0.8125 0 0 1 0 0.05882 0.11765 0.32353 0 0.5 1 0.07692 0.92308 0.12281 0.05263 0 0.82456 0.10811 0.89189 0.19048 0.66667 0.02381 0.09524 0 0.02381 0 0.09524 0 0.66667 0.04762 0.19048 0.03704 0.7037 0.03704 0.22222 0.10417 0.6875 0.0625 0.14583 0 1 0 0 0 1 Obesumbacterium proteus 0.29787 0.19149 0.21277 0.29787 0 1 0.4 0.6 0.75862 0.24138 0.30769 0.69231 0.56818 0.36364 0 0.06818 0 1 0.41667 0.58333 0 0.70588 0.29412 0.16667 0.23333 0 0 0 0.6 1 0.25 0.75 0.25 0 0.5 0.25 0.21429 0.78571 0.72222 0.27778 0 0 0 0 0.53333 0.2 0.06667 0 0.06667 0.13333 0.36364 0.36364 0.18182 0.09091 0.34286 0.17143 0.17143 0.31429 0 1 0 1 0 0 Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 0.4 0.24706 0.22353 0.12941 0 1 0.53571 0.46429 0.84091 0.15909 0.17647 0.82353 0.2766 0.70213 0.02128 0 0.75 0.25 0.2069 0.7931 0 0 1 0.02941 0.02941 0.17647 0.32353 0 0.44118 1 0.375 0.625 0.18 0.02 0.1 0.7 0.02632 0.97368 0.51111 0.46667 0 0.02222 0 0 0.15 0.25 0 0.5 0 0.1 0.15385 0.61538 0.03846 0.19231 0.33333 0.41667 0.05556 0.19444 0 0.33333 0.66667 0 0 1 Oenococcus oeni PSU-1 0.55102 0.16327 0.22449 0.06122 0 0 0.81818 0.18182 0.73913 0.26087 0.9375 0.0625 0.29545 0.25 0.38636 0.06818 0.66667 0.33333 0.72727 0.27273 0 0.6087 0.3913 0.17857 0.39286 0.21429 0.03571 0.03571 0.14286 1 0.75758 0.24242 0.35 0.15 0.25 0.25 0.48276 0.51724 0.27778 0.16667 0.11111 0.16667 0.27778 0 0.32653 0.10204 0.26531 0.12245 0.14286 0.04082 0.42857 0.17857 0.17857 0.21429 0.61905 0.16667 0.14286 0.07143 1 1 0 1 0 0 Pantoea ananatis LMG 20103 0.23913 0.19565 0.19565 0.36957 1 0 0.44 0.56 0.58621 0.41379 0.46154 0.53846 0.4878 0.36585 0.07317 0.07317 0.5 0.5 0.40909 0.59091 0 0.64706 0.35294 0.06897 0.13793 0.03448 0.10345 0.03448 0.62069 1 0.27778 0.72222 0.375 0.125 0.25 0.25 0.07692 0.92308 0.61111 0.38889 0 0 0 0 0.25 0.25 0.3125 0 0.125 0.0625 0.14286 0.71429 0.04762 0.09524 0.11111 0.22222 0.19444 0.47222 0 0 1 0 1 0 Phaeobacter gallaeciensis DSM 26640 0.06977 0.37209 0.17442 0.38372 0 1 0.46154 0.53846 0.57447 0.42553 0.375 0.625 0.3617 0.51064 0 0.12766 0.42857 0.57143 0.34615 0.65385 0 0.29412 0.70588 0 0.10811 0.16216 0.16216 0 0.56757 1 0.16667 0.83333 0.1875 0.125 0.02083 0.66667 0.1 0.9 0.39286 0.42857 0 0.17857 0 0 0.03846 0.30769 0 0.23077 0 0.42308 0.13333 0.7 0.06667 0.1 0.40426 0.2766 0 0.31915 0 0.66667 0.33333 0 0 1 Photobacterium kishitanii 0.45652 0.06522 0.32609 0.15217 0 1 0.67857 0.32143 0.75862 0.24138 0.45455 0.54545 0.69231 0.30769 0 0 0.75 0.25 0.60714 0.39286 0 0.5 0.5 0.28 0.08 0.44 0 0.2 0 1 0.2 0.8 0.33333 0 0.6 0.06667 0.8 0.2 0.84615 0.15385 0 0 0 0 0.42105 0 0.21053 0.05263 0.15789 0.15789 0.56522 0.13043 0.21739 0.08696 0.42857 0.08571 0.31429 0.17143 0 0 1 1 0 0 Photorhabdus temperata subsp. thracensis 0.36957 0.06522 0.36957 0.19565 0 0 0.65385 0.34615 0.78571 0.21429 0.69231 0.30769 0.5814 0.30233 0 0.11628 0.5 0.5 0.53846 0.38462 0.07692 0.70588 0.29412 0.03448 0.34483 0.10345 0 0.10345 0.41379 1 0.75 0.25 0.41667 0.16667 0.25 0.16667 0.38462 0.61538 0.72222 0.22222 0 0.05556 0 0 0.26316 0.10526 0.26316 0.15789 0.05263 0.15789 0.44 0.36 0.08 0.12 0.38235 0.17647 0.11765 0.32353 0 0 1 1 0 0 Polynucleobacter asymbioticus QLW-P1DMWA-1 0.49296 0.09859 0.28169 0.12676 0.5 0.5 0.81481 0.18519 0.77778 0.22222 0.76923 0.23077 0.53191 0.21277 0.23404 0.02128 0.8 0.2 0.5 0.5 0 0.625 0.375 0.30303 0.51515 0.06061 0.09091 0 0.0303 1 0.78571 0.21429 0.46667 0 0.53333 0 0.625 0.375 0.68421 0.21053 0.05263 0 0.05263 0 0.22581 0.06452 0.25806 0.03226 0.06452 0.35484 0.52 0.16 0.24 0.08 0.39024 0.07317 0.2439 0.29268 1 0.85714 0.14286 1 0 0 Prevotella ruminicola 23 0.30303 0.45455 0.24242 0 0 1 0.44444 0.55556 0.13889 0.86111 0.4 0.6 0.63636 0.27273 0.09091 0 0.25 0.75 0.31579 0.65789 0.02632 0.06897 0.93103 0.0303 0.06061 0.18182 0.24242 0 0.48485 1 0.16129 0.83871 0.42857 0.28571 0.14286 0.14286 0 1 0.42857 0.57143 0 0 0 0 0.2381 0 0.2381 0.2381 0.09524 0.19048 0.28571 0.52381 0.19048 0 0.44828 0.06897 0.34483 0.13793 1 0.5 0.5 1 0 0 Prochlorococcus marinus str. AS9601 0.4 0.1 0.475 0.025 0 1 0.73684 0.26316 0.71429 0.28571 0.90909 0.09091 0.38095 0.19048 0.33333 0.09524 0 0 0.44828 0.06897 0.48276 1 0 0.39286 0.03571 0.17857 0.14286 0.25 0 1 0.69565 0.30435 0.25 0.25 0.5 0 0.95 0.05 0.05 0 0.05 0 0.8 0.1 0.28 0.08 0.16 0.08 0.28 0.12 0.58824 0.11765 0.29412 0 0.62069 0.17241 0.17241 0.03448 0 1 0 1 0 0 Propionibacterium acnes KPA171202 0.43636 0.38182 0.09091 0.09091 0 1 0.26471 0.73529 0.09524 0.90476 0.18182 0.81818 0.29787 0.38298 0.23404 0.08511 0.75 0.25 0.28571 0.71429 0 0.16667 0.83333 0 0.16129 0.12903 0.48387 0.03226 0.19355 1 0.35714 0.64286 0.33333 0.14286 0.04762 0.47619 0.09091 0.90909 0.35 0.3 0.1 0.2 0 0.05 0.17647 0.29412 0.08824 0.20588 0.08824 0.14706 0.18182 0.54545 0 0.27273 0.29032 0.41935 0.03226 0.25806 0 0 1 0 0 1 Pseudoalteromonas luteoviolacea 0.19231 0.11538 0.40385 0.28846 0 0 0.56 0.44 0.69697 0.30303 0.84615 0.15385 0.49057 0.33962 0.13208 0.03774 0.5 0.5 0.65385 0.30769 0.03846 0.78261 0.21739 0.30769 0.23077 0.23077 0 0 0.23077 1 0.64706 0.35294 0.53846 0 0.46154 0 0.8 0.2 0.27273 0.27273 0 0 0.36364 0.09091 0.25 0 0.35 0.15 0.1 0.15 0.41379 0.06897 0.31034 0.2069 0.40476 0.07143 0.30952 0.21429 0 1 0 0 1 0 Ralstonia solanacearum GMI1000 0 0.53571 0.07143 0.39286 0 1 0.22222 0.77778 0.31034 0.68966 0.08333 0.91667 0.03226 0.90323 0 0.06452 0.5 0.5 0 1 0 0.1 0.9 0 0 0.02222 0.2 0 0.77778 1 0 1 0 0.26923 0.03846 0.69231 0.04545 0.95455 0.08 0.88 0 0.04 0 0 0 0.45 0 0.3 0 0.25 0 0.55 0 0.45 0 0.17647 0.02941 0.79412 1 0.14286 0.85714 0 0 1 Rhizobium etli CFN 42 0.14634 0.46341 0.09756 0.29268 0 1 0.3 0.7 0.68421 0.31579 0 1 0.27273 0.68182 0 0.04545 0.6 0.4 0.13514 0.83784 0.02703 0 1 0 0.05714 0.02857 0.48571 0 0.42857 1 0.17647 0.82353 0.13953 0.09302 0 0.76744 0.06383 0.93617 0.275 0.6 0.1 0.025 0 0 0.04167 0.16667 0.04167 0.45833 0.04167 0.25 0.03333 0.53333 0.06667 0.36667 0.13333 0.68889 0.04444 0.13333 0 1 0 0 0 1 Rhodanobacter thiooxydans 0.01961 0.5098 0.05882 0.41176 0 1 0.21739 0.78261 0.28 0.72 0.18182 0.81818 0.2093 0.7907 0 0 0 1 0 1 0 0.08333 0.91667 0 0 0.0625 0.28125 0 0.65625 1 0.15789 0.84211 0 0.15789 0 0.84211 0.125 0.875 0.13043 0.65217 0 0.21739 0 0 0 0.18182 0 0.45455 0 0.36364 0 0.91304 0 0.08696 0.04878 0.34146 0 0.60976 0 0 1 0 0 1 Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 0.04545 0.51136 0.05682 0.38636 0 1 0.07143 0.92857 0.15 0.85 0 1 0.06977 0.86047 0 0.06977 0.25 0.75 0.03846 0.96154 0 0 1 0 0 0 0.53125 0 0.46875 1 0.04545 0.95455 0.03774 0.32075 0 0.64151 0.05 0.95 0.23529 0.61765 0.02941 0.11765 0 0 0 0.05556 0 0.66667 0 0.27778 0.04 0.68 0 0.28 0 0.25 0.02778 0.72222 0 0.16667 0.83333 0 0 1 Rhodococcus aetherivorans 0.02041 0.53061 0.04082 0.40816 0 1 0.03333 0.96667 0.17857 0.82143 0 1 0.08929 0.76786 0.05357 0.08929 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0.5 0 0.5 1 0 1 0 0.35 0 0.65 0 1 0.15385 0.5 0 0.34615 0 0 0.05 0.45 0 0.3 0.05 0.15 0 0.80952 0 0.19048 0 0.63158 0.02632 0.34211 0 0 1 0 0 1 Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 0.03478 0.73913 0.0087 0.21739 0 1 0.30769 0.69231 0.34545 0.65455 0.07692 0.92308 0.15789 0.7193 0.07018 0.05263 0.45455 0.54545 0.06452 0.93548 0 0.2 0.8 0 0.14286 0.04082 0.2449 0.04082 0.53061 1 0.47619 0.52381 0.02 0.46 0 0.52 0.125 0.875 0.22581 0.62903 0 0.14516 0 0 0.03704 0.22222 0.03704 0.25926 0.03704 0.40741 0 0.83333 0 0.16667 0.12245 0.5102 0 0.36735 0 0.875 0.125 1 0 0 Riemerella anatipestifer ATCC 11845 = DSM 15868 0.45238 0.07143 0.38095 0.09524 1 0 0.77143 0.22857 0.74286 0.25714 0.84375 0.15625 0.54167 0.08333 0.29167 0.08333 0.4 0.6 0.43902 0.26829 0.29268 0.72093 0.27907 0.375 0.175 0.225 0.025 0.2 0 1 0.66667 0.33333 0.42105 0.05263 0.47368 0.05263 0.66667 0.33333 0.2 0 0 0 0.8 0 0.54762 0.02381 0.14286 0 0.16667 0.11905 0.23684 0.13158 0.44737 0.18421 0.31818 0.04545 0.47727 0.15909 0 0.66667 0.33333 0 1 0 Rothia dentocariosa ATCC 17931 0.43548 0.17742 0.27419 0.1129 0 0 0.51613 0.48387 0.22727 0.77273 0.46154 0.53846 0.55556 0.33333 0.02222 0.08889 0.66667 0.33333 0.75 0.25 0 0 1 0 0.15152 0.27273 0.15152 0.09091 0.33333 1 0.17647 0.82353 0.35 0.3 0 0.35 0 1 0.4 0.5 0.1 0 0 0 0.26316 0.42105 0.26316 0.05263 0 0 0.25 0.65 0.05 0.05 0.31579 0.21053 0 0.47368 0 0 1 0 1 0 Salinibacter ruber DSM 13855 0 0.72093 0.02326 0.25581 0 1 0.02083 0.97917 0.19565 0.80435 0.27273 0.72727 0.025 0.75 0 0.225 0 1 0.2069 0.7931 0 0.25 0.75 0 0 0.06667 0.46667 0 0.46667 1 0.05263 0.94737 0.05882 0.41176 0 0.52941 0.21429 0.78571 0.07692 0.61538 0 0.30769 0 0 0 0.18519 0.03704 0.22222 0 0.55556 0.02941 0.55882 0 0.41176 0 0.53846 0 0.46154 0 0 1 0 0 1 Salinispora tropica CNB-440 0.11538 0.36538 0.11538 0.40385 0 1 0.27586 0.72414 0.05263 0.94737 0 1 0.29545 0.54545 0.09091 0.06818 0 1 0.08696 0.91304 0 0 1 0 0.03226 0.09677 0.35484 0 0.51613 1 0.05882 0.94118 0.05 0.25 0.05 0.65 0.08333 0.91667 0.26316 0.26316 0.10526 0.36842 0 0 0 0.33333 0 0.2 0.13333 0.33333 0.05263 0.73684 0.05263 0.15789 0.12121 0.51515 0 0.36364 0 0 1 0 0 1 Selenomonas noxia ATCC 43541 0.09434 0.16981 0.35849 0.37736 1 0 0.57143 0.42857 0.26923 0.73077 0.4 0.6 0.13725 0.5098 0.19608 0.15686 1 0 0.26667 0.7 0.03333 0.08333 0.91667 0 0.13043 0.08696 0.52174 0 0.26087 1 0.54545 0.45455 0.05 0.3 0 0.65 0 1 0.26316 0.73684 0 0 0 0 0 0.27273 0.09091 0.27273 0.04545 0.31818 0.03226 0.22581 0.16129 0.58065 0.34286 0.31429 0.08571 0.25714 1 0 1 0 0 1 Serratia fonticola 0.14894 0.34043 0.14894 0.3617 1 0 0.36 0.64 0.82759 0.17241 0.23077 0.76923 0.5 0.5 0 0 0.25 0.75 0.27273 0.72727 0 0.58824 0.41176 0 0.03448 0 0 0.06897 0.89655 1 0.375 0.625 0.26667 0 0.33333 0.4 0.14286 0.85714 0.61111 0.38889 0 0 0 0 0.13333 0.33333 0.13333 0.13333 0 0.26667 0 0.90476 0.04762 0.04762 0.18919 0.16216 0.08108 0.56757 0 0.33333 0.66667 0 1 0 Shewanella baltica OS678 0.36207 0.18966 0.18966 0.25862 0 0 0.43478 0.56522 0.75 0.25 0.44444 0.55556 0.53659 0.36585 0.04878 0.04878 0.57143 0.42857 0.48 0.52 0 0.52632 0.47368 0.4 0.2 0.12 0.08 0 0.2 1 0.33333 0.66667 0.22727 0 0.77273 0 0.66667 0.33333 0.625 0.3125 0 0 0.0625 0 0.30769 0 0.30769 0.15385 0.15385 0.07692 0.45 0.15 0.2 0.2 0.32558 0.23256 0.11628 0.32558 0 0.8 0.2 0 1 0 Shigella dysenteriae Sd197 0.31915 0.04255 0.2766 0.3617 0 0 0.5 0.5 0.73077 0.26923 0.46154 0.53846 0.45238 0.42857 0.04762 0.07143 0.33333 0.66667 0.22727 0.77273 0 0.58824 0.41176 0 0.10345 0.06897 0 0 0.82759 1 0.5625 0.4375 0.13333 0 0.33333 0.53333 0.35714 0.64286 0.5 0.5 0 0 0 0 0.58333 0.25 0 0 0 0.16667 0.33333 0.41667 0.16667 0.08333 0.31579 0.21053 0.15789 0.31579 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Sinorhizobium fredii NGR234 0.12195 0.5 0.08537 0.29268 0 1 0.3125 0.6875 0.575 0.425 0.375 0.625 0.21277 0.7234 0.02128 0.04255 0.25 0.75 0.18421 0.81579 0 0 1 0 0.05556 0.11111 0.55556 0 0.27778 1 0 1 0.06667 0.11111 0.02222 0.8 0.14 0.86 0.28571 0.59524 0 0.11905 0 0 0 0.23077 0 0.53846 0.03846 0.19231 0.07143 0.67857 0 0.25 0.14894 0.57447 0.06383 0.21277 0 0.5 0.5 0 0 1 Staphylococcus capitis subsp. capitis 0.67442 0.04651 0.18605 0.09302 0 0 0.59091 0.40909 0.90323 0.09677 0.57143 0.42857 0.66667 0.21429 0.11905 0 0.5 0.5 0.55556 0.44444 0 0.89474 0.10526 0.66667 0.04762 0.19048 0.04762 0.04762 0 1 0.54545 0.45455 0.6 0 0.3 0.1 1 0 0.42105 0.10526 0.05263 0 0.42105 0 0.37143 0 0.4 0 0.14286 0.08571 0.41667 0 0.54167 0.04167 0.46875 0.03125 0.4375 0.0625 0 0 0 1 0 0 Streptococcus agalactiae 2603V/R 0.30769 0.02564 0.61538 0.05128 0 0 0.76923 0.23077 0.82353 0.17647 0.86667 0.13333 0.62222 0.17778 0.17778 0.02222 1 0 0.8 0.2 0 0.76471 0.23529 0.27586 0.10345 0.55172 0 0 0.06897 1 0.69231 0.30769 0.35714 0 0.57143 0.07143 0.89474 0.10526 0.7 0.2 0.05 0 0.05 0 0.23333 0 0.46667 0 0.2 0.1 0.35294 0.02941 0.52941 0.08824 0.56667 0.16667 0.26667 0 1 1 0 1 0 0 Streptomyces lydicus 0.46512 0.13953 0.32558 0.06977 0 0 0.76 0.24 0.74286 0.25714 0.85714 0.14286 0.55556 0.08889 0.28889 0.06667 1 0 0.64286 0.35714 0 0.73333 0.26667 0.06667 0.43333 0.4 0.03333 0.03333 0.03333 1 0.38889 0.61111 0.25 0.0625 0.625 0.0625 0.8125 0.1875 0.83333 0.125 0 0 0.04167 0 0.19048 0 0.38095 0.04762 0.28571 0.09524 0.3125 0.09375 0.5 0.09375 0.41463 0.17073 0.2439 0.17073 1 0.5 0.5 1 0 0 Thioalkalivibrio versutus 0.06818 0.56818 0.02273 0.34091 1 0 0.5 0.5 0.375 0.625 0.1 0.9 0.2 0.64444 0.02222 0.13333 0 1 0.09524 0.90476 0 0.06667 0.93333 0 0.06061 0.0303 0.0303 0 0.87879 1 0.21429 0.78571 0 0.23077 0.07692 0.69231 0.15789 0.84211 0.22222 0.5 0.05556 0.16667 0 0.05556 0 0.5 0 0.25 0 0.25 0 0.62963 0 0.37037 0.02439 0.53659 0.02439 0.41463 0 0.5 0.5 0 0 1 Treponema denticola ATCC 35405 0.32558 0.2093 0.44186 0.02326 0 1 0.78571 0.21429 0.80645 0.19355 0.91667 0.08333 0.28571 0.22857 0.34286 0.14286 0.83333 0.16667 0.53125 0.0625 0.40625 0.54167 0.45833 0.48276 0.17241 0.31034 0 0.03448 0 1 0.75 0.25 0.8 0 0 0.2 0.4 0.6 0.21053 0 0.05263 0 0.52632 0.21053 0.24 0.2 0.24 0.08 0.08 0.16 0.30769 0.23077 0.38462 0.07692 0.51429 0.05714 0.37143 0.05714 1 0.85714 0.14286 0 1 0 Weissella cibaria 0.31148 0.22951 0.27869 0.18033 0 0 0.72727 0.27273 0.82353 0.17647 0.66667 0.33333 0.65116 0.13953 0.18605 0.02326 0 0 0.55556 0.44444 0 0.04762 0.95238 0.04545 0.63636 0.31818 0 0 0 1 0.35294 0.64706 0.34615 0.03846 0.57692 0.03846 0.93333 0.06667 0.81818 0.18182 0 0 0 0 0.26667 0 0.53333 0 0.06667 0.13333 0.17857 0.17857 0.21429 0.42857 0.44444 0.19444 0.11111 0.25 1 0 1 1 0 0 Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster 0.38095 0.04762 0.47619 0.09524 1 0 0.86364 0.13636 0.63333 0.36667 0.91667 0.08333 0.5641 0.05128 0.35897 0.02564 0.75 0.25 0.52941 0.14706 0.32353 0.75 0.25 0.27586 0.17241 0.31034 0.06897 0.06897 0.10345 1 0.76923 0.23077 0.15385 0.15385 0.53846 0.15385 0.91667 0.08333 0.125 0.0625 0.0625 0 0.625 0.125 0.17647 0.05882 0.41176 0 0.11765 0.23529 0.57143 0.09524 0.33333 0 0.46667 0.03333 0.3 0.2 1 0.8 0.2 1 0 0 Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 0.06897 0.53448 0.08621 0.31034 0 1 0.28571 0.71429 0.7 0.3 0.30769 0.69231 0.17021 0.80851 0 0.02128 0.66667 0.33333 0.04545 0.95455 0 0 1 0 0.03333 0 0.1 0 0.86667 1 0.15 0.85 0 0.17647 0.05882 0.76471 0 1 0.26087 0.69565 0 0.04348 0 0 0 0.21429 0 0.35714 0 0.42857 0.03704 0.88889 0.03704 0.03704 0.10526 0.42105 0.02632 0.44737 0 0 1 0 0 1 Xenorhabdus bovienii SS-2004 0.29545 0.20455 0.29545 0.20455 0 0 0.53846 0.46154 0.7931 0.2069 0.46154 0.53846 0.39535 0.34884 0.18605 0.06977 0.5 0.5 0.61538 0.38462 0 0.83333 0.16667 0.09677 0.25806 0.06452 0 0.03226 0.54839 1 0.5 0.5 0.23077 0.07692 0.38462 0.30769 0.18182 0.81818 0.63158 0.31579 0.05263 0 0 0 0.41176 0.11765 0.35294 0 0 0.11765 0.33333 0.25926 0.22222 0.18519 0.33333 0.21212 0.12121 0.33333 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Xylella fastidiosa 9a5c 0.40351 0.12281 0.19298 0.2807 1 0 0.84615 0.15385 0.2381 0.7619 0.69231 0.30769 0.57143 0.14286 0.04082 0.2449 0.66667 0.33333 0.61905 0.33333 0.04762 0.1 0.9 0.03125 0.40625 0.15625 0.03125 0.03125 0.34375 1 0.55556 0.44444 0.4 0.06667 0.13333 0.4 0.26316 0.73684 0.625 0.20833 0.125 0.04167 0 0 0.23529 0.17647 0.23529 0.17647 0.05882 0.11765 0.56 0.24 0.04 0.16 0.18605 0.16279 0.04651 0.60465 0 1 0 1 0 0 Yersinia aldovae 0.34783 0.21739 0.21739 0.21739 1 0 0.5 0.5 0.83333 0.16667 0.38462 0.61538 0.59524 0.35714 0 0.04762 0.5 0.5 0.40909 0.59091 0 0.64706 0.35294 0.13793 0.34483 0.03448 0 0.06897 0.41379 1 0.5625 0.4375 0.4375 0.1875 0.0625 0.3125 0.25 0.75 0.5 0.5 0 0 0 0 0.23077 0.23077 0.30769 0.07692 0 0.15385 0.375 0.33333 0.16667 0.125 0.32432 0.18919 0.08108 0.40541 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Acinetobacter baumannii 0.33333 0.15385 0.38462 0.12821 1 0 0.56667 0.43333 0.88 0.12 0.61538 0.38462 0.73684 0.21053 0 0.05263 0.6 0.4 0.76923 0.19231 0.03846 0.71429 0.28571 0.33333 0.29167 0.20833 0.04167 0.08333 0.04167 1 0.58333 0.41667 0.33333 0 0.5 0.16667 0.6 0.4 0.84 0.12 0 0 0.04 0 0.25 0 0.25 0.05 0.25 0.2 0.5 0.04167 0.45833 0 0.47059 0 0.35294 0.17647 0 0.4 0.6 1 0 0 Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 0.13333 0.17778 0.17778 0.51111 0 0 0.77273 0.22727 0.80952 0.19048 0.53846 0.46154 0.69048 0.21429 0.07143 0.02381 0.4 0.6 0.5 0.5 0 0.8 0.2 0.72 0.12 0.08 0 0.04 0.04 1 0.55 0.45 0.36364 0 0.04545 0.59091 0.81818 0.18182 0.58333 0.25 0 0 0.16667 0 0.27273 0.13636 0.13636 0.27273 0.13636 0.04545 0.14286 0.33333 0.19048 0.33333 0.26471 0.11765 0.35294 0.26471 1 0.66667 0.33333 1 0 0 Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 0.25758 0.45455 0.06061 0.22727 0 0 0.34615 0.65385 0.14286 0.85714 0 1 0.42105 0.55263 0.02632 0 0 1 0.125 0.875 0 0 1 0 0 0.03226 0.3871 0 0.58065 1 0 1 0.13043 0.47826 0 0.3913 0.16667 0.83333 0.4 0.56 0.04 0 0 0 0.04762 0.38095 0 0.42857 0 0.14286 0.08333 0.58333 0.04167 0.29167 0.19512 0.43902 0 0.36585 0 0 1 0 0 1 Aerococcus viridans 0.55556 0.04444 0.33333 0.06667 0 0 0.47059 0.52941 0.88889 0.11111 0.35294 0.64706 0.76923 0.10256 0.07692 0.05128 0 1 0.2069 0.75862 0.03448 0.78947 0.21053 0.7619 0.09524 0.04762 0 0.09524 0 1 0.13043 0.86957 0.30769 0 0.53846 0.15385 0.94118 0.05882 0.63333 0.26667 0 0 0.1 0 0.33333 0 0.48148 0.03704 0.07407 0.07407 0.62963 0.03704 0.25926 0.07407 0.39286 0.03571 0.42857 0.14286 0 0.25 0.75 1 0 0 Aeromonas enteropelogenes 0.13333 0.62222 0.08889 0.15556 0 0 0.25 0.75 0.5625 0.4375 0.16667 0.83333 0.5 0.47619 0 0.02381 0.5 0.5 0.04167 0.95833 0 0.2 0.8 0 0.03704 0.03704 0 0 0.92593 1 0.14286 0.85714 0 0.07143 0.07143 0.85714 0.09091 0.90909 0.42857 0.47619 0 0.04762 0 0.04762 0 0.625 0 0 0.0625 0.3125 0.04167 0.91667 0 0.04167 0.02564 0.30769 0.10256 0.5641 0 1 0 1 0 0 Aggregatibacter actinomycetemcomitans 0.25 0.27083 0.3125 0.16667 0 0 0.83333 0.16667 0.72727 0.27273 0.57143 0.42857 0.63043 0.21739 0.08696 0.06522 0.75 0.25 0.67857 0.25 0.07143 0.78947 0.21053 0.37037 0.44444 0.11111 0 0.03704 0.03704 1 0.76923 0.23077 0.05556 0.05556 0.33333 0.55556 0.66667 0.33333 0.625 0.0625 0.125 0 0.1875 0 0.3125 0.3125 0.0625 0.125 0.125 0.0625 0.2069 0.34483 0.31034 0.13793 0.34211 0.15789 0.21053 0.28947 0 1 0 1 0 0 Alcaligenes faecalis 0.37255 0.41176 0.11765 0.09804 0 1 0.45833 0.54167 0.66667 0.33333 0.4 0.6 0.5 0.47619 0 0.02381 0.16667 0.83333 0.22727 0.77273 0 0.2 0.8 0.08 0.4 0 0 0 0.52 1 0.4 0.6 0.5 0.1 0.3 0.1 0.30769 0.69231 0.3913 0.6087 0 0 0 0 0.04545 0.36364 0 0.18182 0.04545 0.36364 0.04348 0.43478 0.08696 0.43478 0.25714 0.2 0.08571 0.45714 0 0.25 0.75 1 0 0 Aliivibrio wodanis 0.29412 0.07843 0.5098 0.11765 0 0 0.78261 0.21739 0.76471 0.23529 0.63636 0.36364 0.74359 0.10256 0.12821 0.02564 0.66667 0.33333 0.68966 0.27586 0.03448 0.68182 0.31818 0.40741 0.07407 0.40741 0 0.07407 0.03704 1 0.73333 0.26667 0.22727 0 0.59091 0.18182 0.8125 0.1875 0.8125 0.0625 0.0625 0 0.0625 0 0.2 0.06667 0.26667 0.2 0.2 0.06667 0.26667 0.1 0.36667 0.26667 0.39024 0.02439 0.41463 0.17073 0 1 0 1 0 0 Anaplasma marginale str. Florida 0.17778 0.37778 0.2 0.24444 0 1 0.45833 0.54167 0.55172 0.44828 0.5625 0.4375 0.20513 0.38462 0.17949 0.23077 0.71429 0.28571 0.16667 0.5 0.33333 0.42105 0.57895 0 0.23529 0.32353 0.14706 0.14706 0.14706 1 0.29167 0.70833 0.29412 0.35294 0.05882 0.29412 0.4 0.6 0 0.0625 0.125 0.125 0.3125 0.375 0.11538 0.26923 0.07692 0.11538 0.15385 0.26923 0.31818 0.22727 0.27273 0.18182 0.22222 0.18519 0.33333 0.25926 1 0.5 0.5 0 0 1 Arcobacter butzleri RM4018 0.48485 0.06061 0.45455 0 1 0 0.92 0.08 0.70968 0.29032 0.81818 0.18182 0.57143 0 0.42857 0 0.71429 0.28571 0.63158 0.07895 0.28947 0.96667 0.03333 0.6875 0.03125 0.25 0 0.03125 0 1 0.82609 0.17391 0.33333 0 0.66667 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0.21739 0 0.47826 0 0.30435 0 0.42857 0 0.57143 0 0.61538 0 0.34615 0.03846 0 1 0 1 0 0 Bacillus anthracis str. Ames 0.34884 0 0.46512 0.18605 0 0 0.83333 0.16667 0.80769 0.19231 0.54545 0.45455 0.61538 0.10256 0.25641 0.02564 0.5 0.5 0.65517 0.31034 0.03448 0.89474 0.10526 0.79167 0 0.125 0 0.08333 0 1 0.63636 0.36364 0.05882 0 0.82353 0.11765 0.85714 0.14286 0.7619 0.09524 0.04762 0 0.09524 0 0.44444 0 0.33333 0 0.11111 0.11111 0.40909 0 0.40909 0.18182 0.32353 0.05882 0.52941 0.08824 0 0 1 1 0 0 Bacteroides cellulosilyticus 0.24242 0.54545 0.12121 0.09091 0.5 0.5 0.59259 0.40741 0.73333 0.26667 0.29412 0.70588 0.42857 0.33333 0.19048 0.04762 0.33333 0.66667 0.30769 0.5641 0.12821 0.51724 0.48276 0 0.1 0.1 0.16667 0.03333 0.6 1 0.28571 0.71429 0.09091 0.54545 0 0.36364 0.3 0.7 0.45 0.4 0.1 0.05 0 0 0.11538 0.11538 0.07692 0.07692 0.26923 0.34615 0 0.55556 0.14815 0.2963 0.1 0.16667 0.4 0.33333 1 0.6 0.4 1 0 0 Bartonella bacilliformis KC583 0.51429 0.07143 0.27143 0.14286 1 0 0.89655 0.10345 0.64583 0.35417 1 0 0.4 0.2 0.26667 0.13333 0.75 0.25 0.74359 0.07692 0.17949 0.52381 0.47619 0.39474 0.21053 0.21053 0.05263 0.10526 0.02632 1 0.73913 0.26087 0.58333 0 0.29167 0.125 0.47222 0.52778 0.74194 0.16129 0.03226 0.03226 0 0.03226 0.48077 0.05769 0.17308 0.03846 0.17308 0.07692 0.19355 0.12903 0.54839 0.12903 0.66667 0 0.17778 0.15556 1 0.57143 0.42857 1 0 0 Bordetella bronchiseptica 253 0.11321 0.43396 0 0.45283 0 1 0.09091 0.90909 0.41379 0.58621 0.1 0.9 0.1087 0.80435 0 0.08696 0.28571 0.71429 0.25 0.75 0 0.08333 0.91667 0 0.07407 0.03704 0.18519 0 0.7037 1 0.15789 0.84211 0 0.2 0 0.8 0.14286 0.85714 0.125 0.875 0 0 0 0 0 0.07143 0 0.35714 0 0.57143 0 0.68 0 0.32 0.05714 0.37143 0.02857 0.54286 0 0 1 0 0 1 Borrelia burgdorferi B31 0.48571 0.11429 0.31429 0.08571 0 0 0.9 0.1 0.54167 0.45833 1 0 0.2381 0.19048 0.38095 0.19048 1 0 0.71429 0.05714 0.22857 0.5 0.5 0.27586 0.10345 0.58621 0.03448 0 0 1 0.91304 0.08696 0.45455 0.09091 0.45455 0 0.84615 0.15385 0.23077 0 0.07692 0 0.69231 0 0.5 0.07692 0.03846 0.03846 0.19231 0.15385 0.34615 0.15385 0.46154 0.03846 0.78125 0 0.125 0.09375 0 0.85714 0.14286 0 1 0 Brucella melitensis bv. 1 str. 16M 0.26667 0.33333 0.2 0.2 0 1 0.6 0.4 0.63636 0.36364 0.5 0.5 0 0.55556 0.11111 0.33333 0.5 0.5 0 0.83333 0.16667 0.33333 0.66667 0 0.18182 0.27273 0.18182 0 0.36364 1 0.5 0.5 0 0 0 1 0.5 0.5 0.18182 0.63636 0 0.18182 0 0 0 0.28571 0 0.42857 0 0.28571 0 0.625 0.125 0.25 0.14286 0.28571 0.14286 0.42857 0 0.5 0.5 0 0 1 Burkholderia gladioli 0.01538 0.46154 0.04615 0.47692 0 1 0.30303 0.69697 0.28125 0.71875 0.07692 0.92308 0 0.94118 0 0.05882 0 1 0.05263 0.94737 0 0 1 0 0.10526 0 0.26316 0 0.63158 1 0.18182 0.81818 0.05405 0.37838 0 0.56757 0.16667 0.83333 0.03333 0.66667 0 0.3 0 0 0 0.25 0 0.65 0 0.1 0 0.47368 0.10526 0.42105 0.0303 0.27273 0.0303 0.66667 1 0 1 1 0 0 Capnocytophaga ochracea DSM 7271 0.59091 0.11364 0.25 0.04545 0.75 0.25 0.78378 0.21622 0.64815 0.35185 0.92857 0.07143 0.34884 0.11628 0.37209 0.16279 0.28571 0.71429 0.49091 0.2 0.30909 0.65909 0.34091 0.35135 0.24324 0.32432 0 0.05405 0.02703 1 0.63636 0.36364 0.61111 0.16667 0.22222 0 0.92308 0.07692 0.47368 0.21053 0.05263 0.05263 0.21053 0 0.375 0.04167 0.22917 0.04167 0.22917 0.08333 0.48485 0.21212 0.30303 0 0.27027 0.02703 0.45946 0.24324 1 0.8 0.2 0 1 0 Chlamydophila pneumoniae CWL029 0.6 0.2 0.1 0.1 0.25 0.75 0.66667 0.33333 0.45455 0.54545 0.625 0.375 0.14286 0.28571 0.28571 0.28571 0.5 0.5 0.66667 0.33333 0 0.45455 0.54545 0.14815 0.18519 0.25926 0.22222 0.11111 0.07407 1 0.71429 0.28571 0.6 0.2 0 0.2 0.61538 0.38462 0.2 0 0.2 0.2 0.2 0.2 0.30769 0.23077 0.23077 0 0.07692 0.15385 0.35714 0.21429 0.14286 0.28571 0.27273 0 0.54545 0.18182 0 0.66667 0.33333 0 1 0 Chronobacter sakazakii 0.20833 0.20833 0.1875 0.39583 0 0 0.44444 0.55556 0.74074 0.25926 0.69231 0.30769 0.42857 0.5 0 0.07143 0.66667 0.33333 0.31818 0.68182 0 0.5625 0.4375 0.03448 0 0.03448 0.10345 0 0.82759 1 0.13333 0.86667 0.25 0 0.0625 0.6875 0 1 0.63158 0.36842 0 0 0 0 0.30769 0.30769 0 0.15385 0.07692 0.15385 0.12 0.56 0.04 0.28 0.17143 0.25714 0.02857 0.54286 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Citrobacter amalonaticus 0.21739 0.06522 0.21739 0.5 0 0 0.42857 0.57143 0.69231 0.30769 0.46154 0.53846 0.47619 0.45238 0.02381 0.04762 0.66667 0.33333 0.27273 0.72727 0 0.64706 0.35294 0.03448 0.10345 0.03448 0.03448 0 0.7931 1 0.25 0.75 0.26667 0 0.06667 0.66667 0.21429 0.78571 0.61111 0.38889 0 0 0 0 0.41667 0.25 0 0.16667 0 0.16667 0.08 0.76 0 0.16 0.21053 0.21053 0.07895 0.5 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Clostridium bolteae 90A9 0.22581 0.37097 0.29032 0.1129 0.5 0.5 0.7619 0.2381 0.21429 0.78571 0.5 0.5 0.19565 0.43478 0.32609 0.04348 0.8 0.2 0.72222 0.22222 0.05556 0.19231 0.80769 0.17391 0.13043 0.26087 0.04348 0 0.3913 1 0.64 0.36 0.31818 0.22727 0.09091 0.36364 0 1 0.27273 0.09091 0 0 0.36364 0.27273 0.04348 0.26087 0.17391 0.04348 0.17391 0.30435 0.18519 0.62963 0.11111 0.07407 0.2069 0.24138 0.17241 0.37931 0 0.85714 0.14286 1 0 0 Comamonas testosteroni TK102 0.23077 0.55769 0.09615 0.11538 0 1 0.32 0.68 0.61538 0.38462 0.14286 0.85714 0.26 0.74 0 0 0.57143 0.42857 0.25 0.75 0 0 1 0 0.03448 0 0.10345 0 0.86207 1 0.29412 0.70588 0.30769 0.53846 0 0.15385 0.25 0.75 0.31818 0.63636 0.04545 0 0 0 0.10526 0.26316 0 0.26316 0 0.36842 0 0.63636 0 0.36364 0.05263 0.15789 0 0.78947 1 0.4 0.6 0 0 1 Corynebacterium diphtheriae 0.28889 0.15556 0.37778 0.17778 1 0 0.54054 0.45946 0.56667 0.43333 0.38462 0.61538 0.55814 0.25581 0.13953 0.04651 0.33333 0.66667 0.55 0.45 0 0.5 0.5 0 0.22581 0.25806 0.25806 0.09677 0.16129 1 0.33333 0.66667 0.41176 0 0.52941 0.05882 0.45455 0.54545 0.28571 0.5 0.14286 0.07143 0 0 0.34615 0.26923 0.23077 0.11538 0.03846 0 0.32 0.4 0.04 0.24 0.54286 0.25714 0.05714 0.14286 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Coxiella burnetii RSA 493 0.35714 0.21429 0.11905 0.30952 1 0 0.84615 0.15385 0.77419 0.22581 0.61538 0.38462 0.31915 0.3617 0.19149 0.12766 0.66667 0.33333 0.33333 0.54167 0.125 0.8 0.2 0.38235 0.26471 0.05882 0.08824 0.05882 0.14706 1 0.61905 0.38095 0.23077 0.38462 0.07692 0.30769 0.72727 0.27273 0.2 0.4 0.15 0.2 0.05 0 0.28571 0 0.21429 0.14286 0 0.35714 0.2 0.36 0.16 0.28 0.22222 0.33333 0.13889 0.30556 0 0.75 0.25 0 0 1 Cutibacterium avidum 44067 0.19608 0.62745 0.07843 0.09804 0 1 0.27273 0.72727 0 1 0.08333 0.91667 0.30612 0.42857 0.16327 0.10204 0.25 0.75 0.21429 0.78571 0 0.09091 0.90909 0 0.16129 0 0.51613 0 0.32258 1 0.33333 0.66667 0.09091 0.27273 0.04545 0.59091 0.08 0.92 0.57143 0.33333 0.04762 0 0 0.04762 0.06061 0.51515 0 0.18182 0.0303 0.21212 0.05 0.65 0.05 0.25 0.1 0.6 0.06667 0.23333 0 0 1 0 0 1 Delftia acidovorans SPH-1 0.04054 0.52703 0.09459 0.33784 0.5 0.5 0.10714 0.89286 0.33333 0.66667 0.28571 0.71429 0.07407 0.88889 0 0.03704 0.44444 0.55556 0.22222 0.77778 0 0 1 0 0.04167 0 0.1875 0 0.77083 1 0.09091 0.90909 0.11765 0.52941 0 0.35294 0.02564 0.97436 0 0.85185 0.07407 0.07407 0 0 0.08571 0.34286 0 0.2 0.05714 0.31429 0 0.58333 0 0.41667 0.03448 0.13793 0 0.82759 1 0.16667 0.83333 0 0 1 Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough 0.0678 0.57627 0.20339 0.15254 0.25 0.75 0.25926 0.74074 0.54839 0.45161 0 1 0.29167 0.58333 0.02083 0.10417 0.33333 0.66667 0.12121 0.78788 0.09091 0.11111 0.88889 0 0.04 0.24 0.52 0 0.2 1 0.1875 0.8125 0.17391 0.47826 0 0.34783 0.03571 0.96429 0.41667 0.5 0 0 0 0.08333 0.09091 0.36364 0 0.31818 0 0.22727 0 0.81818 0.04545 0.13636 0 0.44828 0.06897 0.48276 0 0 1 0 1 0 Edwardsiella ictaluri 93-146 0.23404 0.3617 0.10638 0.29787 0 0 0.51852 0.48148 0.53571 0.46429 0.76923 0.23077 0.29545 0.52273 0.04545 0.13636 0.33333 0.66667 0.43478 0.52174 0.04348 0.375 0.625 0.03333 0.06667 0 0.03333 0 0.86667 1 0.3125 0.6875 0 0.06667 0.26667 0.66667 0 1 0.47368 0.47368 0.05263 0 0 0 0.47059 0.23529 0 0.05882 0 0.23529 0.15 0.65 0 0.2 0.22222 0.22222 0.13889 0.41667 0 0 1 0 0 1 Eikenella corrodens ATCC 23834 0.31373 0.4902 0.13725 0.05882 0.5 0.5 0.41667 0.58333 0.76 0.24 0.33333 0.66667 0.475 0.525 0 0 0.5 0.5 0.45161 0.51613 0.03226 0.92308 0.07692 0.03704 0.44444 0 0.03704 0.03704 0.44444 1 0.42857 0.57143 0.16667 0.16667 0 0.66667 0.5 0.5 0.35 0.65 0 0 0 0 0.23529 0.05882 0.11765 0.05882 0.11765 0.41176 0.13793 0.72414 0.06897 0.06897 0.22581 0.06452 0.25806 0.45161 0 1 0 1 0 0 Enterobacter(Klebsiella) aerogenes KCTC 2190 0.23913 0.08696 0.06522 0.6087 0 0 0.42857 0.57143 0.69231 0.30769 0.46154 0.53846 0.52381 0.45238 0 0.02381 0 1 0.31818 0.68182 0 0.52941 0.47059 0.03448 0 0.03448 0.03448 0 0.89655 1 0.25 0.75 0.06667 0 0.33333 0.6 0.21429 0.78571 0.55556 0.44444 0 0 0 0 0.33333 0.25 0.08333 0.16667 0 0.16667 0.16 0.76 0 0.08 0.31579 0.23684 0.13158 0.31579 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Enterococcus avium ATCC 14025 0.35897 0 0.5641 0.07692 0 0 0.80769 0.19231 0.94872 0.05128 0.4 0.6 0.5122 0.21951 0.17073 0.09756 0 0 0.42424 0.54545 0.0303 0.73077 0.26923 0.5 0.19231 0.03846 0.07692 0.15385 0.03846 1 0.45455 0.54545 0.33333 0 0.6 0.06667 0.94118 0.05882 0.66667 0.2381 0 0 0.09524 0 0.18182 0.04545 0.40909 0.04545 0.09091 0.22727 0.37037 0 0.55556 0.07407 0.6875 0.09375 0.125 0.09375 1 0.5 0.5 1 0 0 Flavobacterium hydatis 0.38462 0.12821 0.38462 0.10256 1 0 0.78947 0.21053 0.7541 0.2459 0.88 0.12 0.5122 0.02439 0.41463 0.04878 0.77778 0.22222 0.60345 0.32759 0.06897 0.81081 0.18919 0.41176 0.27451 0.23529 0 0.07843 0 1 0.69388 0.30612 0.37931 0 0.55172 0.06897 0.64 0.36 0.26087 0.04348 0 0 0.69565 0 0.36957 0.04348 0.32609 0.06522 0.17391 0.02174 0.4 0.06667 0.44444 0.08889 0.55172 0.01724 0.34483 0.08621 0 0.83333 0.16667 1 0 0 Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25017 0.63158 0.02632 0.23684 0.10526 1 0 0.83333 0.16667 0.64286 0.35714 0.64286 0.35714 0.80952 0.11905 0.07143 0 1 0 0.38462 0.34615 0.26923 0.66667 0.33333 0.19048 0.04762 0.42857 0 0.28571 0.04762 1 0.88235 0.11765 0.35714 0 0.5 0.14286 1 0 0 0 0 0 1 0 0.41379 0 0.31034 0.03448 0.17241 0.06897 0.65217 0 0.34783 0 0.5 0.02632 0.42105 0.05263 0 0.5 0.5 1 0 0 Fusobacterium nucleatum 0.41935 0.03226 0.51613 0.03226 0 0 0.83333 0.16667 1 0 0.91667 0.08333 0.29412 0 0.70588 0 0 0 0.46875 0.03125 0.5 0.80645 0.19355 0.56667 0.06667 0.3 0 0.06667 0 1 0.75 0.25 0.46154 0 0.53846 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0.4 0 0.4 0 0.2 0 0.3 0 0.7 0 0.42308 0.03846 0.5 0.03846 1 1 0 1 0 0 Gallibacterium anatis UMN179 0.21569 0.07843 0.47059 0.23529 0 0 0.8 0.2 0.8 0.2 0.77778 0.22222 0.65909 0.09091 0.11364 0.13636 0.5 0.5 0.74194 0.25806 0 0.875 0.125 0.57143 0.25 0.14286 0 0.03571 0 1 0.82353 0.17647 0.14286 0 0.28571 0.57143 0.5 0.5 0.69231 0 0.07692 0 0.23077 0 0.21053 0.26316 0.21053 0 0.15789 0.15789 0.39286 0.25 0.25 0.10714 0.28125 0.3125 0.125 0.28125 0 1 0 1 0 0 Gardnerella vaginalis 409-05 0.55556 0.06349 0.28571 0.09524 0 1 0.75862 0.24138 0.58621 0.41379 0.61538 0.38462 0.63889 0.25 0.11111 0 0.85714 0.14286 0.83333 0.16667 0 0.47059 0.52941 0.14815 0.2963 0.2963 0.07407 0.03704 0.14815 1 0.72727 0.27273 0.6 0 0.35 0.05 0.47619 0.52381 0.64286 0.14286 0.14286 0.07143 0 0 0.46429 0.10714 0.10714 0.07143 0.03571 0.21429 0.47368 0.26316 0.10526 0.15789 0.5 0.10714 0.21429 0.17857 1 0.33333 0.66667 1 0 0 Granulibacter bethesdensis CGDNIH1 0.06977 0.60465 0.09302 0.23256 0 0 0.5 0.5 0.58824 0.41176 0 1 0.26415 0.56604 0.03774 0.13208 0.71429 0.28571 0.11538 0.84615 0.03846 0.14286 0.85714 0 0.0303 0.09091 0.0303 0.0303 0.81818 1 0.45 0.55 0.1875 0.25 0.0625 0.5 0.10345 0.89655 0.17647 0.64706 0.02941 0.14706 0 0 0.09375 0.28125 0.03125 0.21875 0 0.375 0.03125 0.5625 0.09375 0.3125 0.10811 0.45946 0.08108 0.35135 1 0.75 0.25 0 0 1 Haemophilus influenzae Rd KW20 0.45 0.075 0.45 0.025 0 0 0.89474 0.10526 0.78378 0.21622 0.875 0.125 0.54348 0.21739 0.17391 0.06522 0.66667 0.33333 0.77419 0.12903 0.09677 0.89474 0.10526 0.34615 0.15385 0.26923 0.11538 0.07692 0.03846 1 0.70833 0.29167 0.53333 0.06667 0.13333 0.26667 0.75 0.25 0.57895 0.21053 0 0.05263 0.15789 0 0.28571 0.09524 0.38095 0 0.19048 0.04762 0.31818 0.22727 0.27273 0.18182 0.41463 0.07317 0.36585 0.14634 0 0.5 0.5 1 0 0 Helicobacter pylori 26695 0.52941 0.14706 0.08824 0.23529 0.5 0.5 0.7619 0.2381 0.72414 0.27586 0.875 0.125 0.30769 0.23077 0.23077 0.23077 0.55556 0.44444 0.5 0.47368 0.02632 0.75862 0.24138 0.26087 0.30435 0.26087 0.13043 0.04348 0 1 0.6875 0.3125 0.64706 0.23529 0.05882 0.05882 0.82353 0.17647 0 0.11111 0 0 0.55556 0.33333 0.36 0.12 0.04 0.04 0.08 0.36 0.4 0.28 0.08 0.24 0.5 0.17857 0.03571 0.28571 0 0.875 0.125 0 0 1 Klebsiella oxytoca 0.21277 0.2766 0.12766 0.38298 0 0 0.46429 0.53571 0.57692 0.42308 0.46154 0.53846 0.38095 0.59524 0.02381 0 0.33333 0.66667 0.22727 0.77273 0 0.58824 0.41176 0.03448 0 0.03448 0.10345 0 0.82759 1 0.125 0.875 0.06667 0 0.33333 0.6 0.14286 0.85714 0.55556 0.44444 0 0 0 0 0.46154 0.23077 0 0.15385 0 0.15385 0.16667 0.70833 0 0.125 0.24324 0.21622 0.05405 0.48649 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Kocuria kristinae 0.01887 0.69811 0.01887 0.26415 0 0 0.125 0.875 0 1 0 1 0.11538 0.71154 0.03846 0.13462 0 1 0 1 0 0 1 0 0.0303 0 0.15152 0 0.81818 1 0.05556 0.94444 0 0.25 0 0.75 0 1 0 0.86364 0 0.13636 0 0 0 0.82759 0 0.13793 0 0.03448 0 1 0 0 0.02778 0.55556 0 0.41667 1 0 1 0 0 1 Lactobacillus crispatus ST1 0.67442 0.04651 0.2093 0.06977 0 0 0.68421 0.31579 0.76471 0.23529 0.71429 0.28571 0.58974 0.23077 0.12821 0.05128 0.66667 0.33333 0.85714 0.10714 0.03571 0.32258 0.67742 0.28 0.36 0.16 0 0.16 0.04 1 0.45833 0.54167 0.61905 0 0.38095 0 0.76923 0.23077 0.53846 0.07692 0.15385 0 0.23077 0 0.32143 0 0.21429 0 0.28571 0.17857 0.6 0.13333 0.16667 0.1 0.5 0.05556 0.33333 0.11111 1 0.66667 0.33333 0 1 0 Lactococcus garvieae Lg2 0.3617 0.14894 0.38298 0.10638 0 0 0.82143 0.17857 0.93103 0.06897 0.71429 0.28571 0.67442 0.16279 0.16279 0 0 1 0.53571 0.46429 0 0.92857 0.07143 0.15385 0.30769 0.42308 0.11538 0 0 1 0.38095 0.61905 0.38889 0 0.55556 0.05556 1 0 0.7619 0.19048 0.04762 0 0 0 0.17241 0 0.62069 0.03448 0.10345 0.06897 0.27273 0 0.72727 0 0.5 0.19444 0.22222 0.08333 1 0 1 1 0 0 Micrococcus luteus NCTC 2665 0.01667 0.55 0.03333 0.4 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0.90909 0.02273 0.06818 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0.5 0 0.5 1 0 1 0 0.34783 0 0.65217 0 1 0.125 0.70833 0 0.16667 0 0 0 0.625 0 0.375 0 0 0 0.8125 0 0.1875 0 0.4186 0 0.5814 0 0 1 0 0 1 Moraxella catarrhalis BBH18 0.29545 0.22727 0.34091 0.13636 1 0 0.8 0.2 0.6 0.4 0.9 0.1 0.64103 0.33333 0.02564 0 1 0 0.51852 0.48148 0 0.69231 0.30769 0.29167 0.41667 0.04167 0.08333 0.08333 0.08333 1 0.83333 0.16667 0.38462 0 0.46154 0.15385 0.93333 0.06667 0.31579 0.36842 0.10526 0.05263 0.15789 0 0.25 0.0625 0.1875 0 0.375 0.125 0.32 0.2 0.28 0.2 0.45161 0.12903 0.25806 0.16129 0 1 0 0 0 1 Morganella morganii subsp. morganii KT 0.17391 0.19565 0.21739 0.41304 0 0 0.44 0.56 0.76667 0.23333 0.46154 0.53846 0.41463 0.46341 0.04878 0.07317 1 0 0.18182 0.81818 0 0.8 0.2 0.21429 0.03571 0.03571 0.03571 0 0.67857 1 0.2381 0.7619 0.27273 0 0 0.72727 0.18182 0.81818 0.6 0.4 0 0 0 0 0.05882 0.23529 0.35294 0.05882 0 0.29412 0.375 0.5 0.04167 0.08333 0.32432 0.21622 0.05405 0.40541 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Mycobacterium abscessus 0.08333 0.46875 0.17708 0.27083 0.4 0.6 0.43636 0.56364 0.55319 0.44681 0.25 0.75 0.3871 0.51613 0.05376 0.04301 0.5 0.5 0.30909 0.69091 0 0.44444 0.55556 0.01754 0.29825 0.03509 0.29825 0 0.35088 1 0.41176 0.58824 0.14286 0.39286 0.03571 0.42857 0.25 0.75 0.15 0.475 0.05 0.225 0.05 0.05 0.04 0.26 0.06 0.26 0.1 0.28 0.10638 0.55319 0.06383 0.2766 0.18182 0.45455 0.06061 0.30303 0 0.4 0.6 0.5 0 0.5 Neisseria gonorrhoeae FA 1090 0.1 0.28 0.28 0.34 0 1 0.52 0.48 0.77778 0.22222 0.66667 0.33333 0.61765 0.32353 0.02941 0.02941 0.6 0.4 0.43333 0.56667 0 0.86667 0.13333 0 0.53846 0.03846 0.03846 0 0.38462 1 0.61905 0.38095 0.23077 0.15385 0 0.61538 0.33333 0.66667 0.27273 0.54545 0 0.09091 0.04545 0.04545 0.21739 0.21739 0.04348 0.13043 0.13043 0.26087 0.20833 0.54167 0.125 0.125 0.21212 0.30303 0.24242 0.24242 0 0.5 0.5 1 0 0 Orientia tsutsugamushi str. Boryong 0.45455 0.04545 0.47727 0.02273 0.33333 0.66667 0.93333 0.06667 0.83871 0.16129 0.69231 0.30769 0.05882 0.17647 0.70588 0.05882 0.8 0.2 0.63636 0.13636 0.22727 0.62069 0.37931 0.6129 0.12903 0.12903 0.06452 0.06452 0 1 0.85714 0.14286 0.4 0 0.6 0 0.83333 0.16667 0.2 0.06667 0 0 0.66667 0.06667 0.20588 0.11765 0.32353 0 0.23529 0.11765 0.67742 0.09677 0.19355 0.03226 0.37037 0.03704 0.51852 0.07407 1 1 0 0 0 1 Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 0.25 0.225 0.25 0.275 1 0 0.85714 0.14286 0.67568 0.32432 0.90909 0.09091 0.525 0.375 0.05 0.05 1 0 0.68 0.24 0.08 0.76471 0.23529 0.43333 0.26667 0.13333 0 0.03333 0.13333 1 0.76923 0.23077 0.3 0.1 0.2 0.4 0.66667 0.33333 0.6 0.15 0.15 0.05 0.05 0 0.21739 0.04348 0.08696 0.13043 0.34783 0.17391 0.22727 0.27273 0.13636 0.36364 0.25714 0.14286 0.17143 0.42857 0 1 0 1 0 0 Pluralibacter gergoviae 0.08511 0.40426 0.06383 0.44681 0 0 0.48148 0.51852 0.74074 0.25926 0.69231 0.30769 0.40476 0.54762 0.02381 0.02381 0 1 0.31818 0.68182 0 0.41176 0.58824 0.06667 0.03333 0.03333 0.06667 0 0.8 1 0.125 0.875 0.14286 0.21429 0.14286 0.5 0 1 0.27778 0.72222 0 0 0 0 0.35714 0.5 0 0.07143 0 0.07143 0.21739 0.73913 0 0.04348 0.2 0.28571 0.05714 0.45714 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 0.18182 0.54545 0.24242 0.0303 1 0 0.42857 0.57143 0.65 0.35 0.21429 0.78571 0.45 0.35 0.1 0.1 0.33333 0.66667 0.2 0.575 0.225 0.3913 0.6087 0.02381 0.11905 0.07143 0.42857 0.02381 0.33333 1 0.53333 0.46667 0.25 0.3125 0.125 0.3125 0.2 0.8 0.34375 0.28125 0.15625 0.1875 0 0.03125 0.2381 0.09524 0.04762 0.19048 0.14286 0.28571 0.06667 0.53333 0.1 0.3 0.12903 0.25806 0.25806 0.35484 1 0.55556 0.44444 1 0 0 Prevotella melaninogenica ATCC 25845 0.36111 0.05556 0.47222 0.11111 1 0 0.53659 0.46341 0.45946 0.54054 0.13333 0.86667 0.7561 0.17073 0.07317 0 0.44444 0.55556 0.375 0.5625 0.0625 0.1875 0.8125 0.06452 0.16129 0.12903 0.41935 0.03226 0.19355 1 0.17241 0.82759 0.58333 0 0.41667 0 0.36364 0.63636 0.7619 0.19048 0 0 0.04762 0 0.23529 0 0.11765 0 0.23529 0.41176 0.21739 0.30435 0.30435 0.17391 0.3871 0.25806 0.19355 0.16129 1 0.5 0.5 1 0 0 Proteus mirabilis HI4320 0.36 0.12 0.3 0.22 0 0 0.69565 0.30435 0.71875 0.28125 0.71429 0.28571 0.575 0.35 0.075 0 0.5 0.5 0.5 0.5 0 0.66667 0.33333 0.53571 0.03571 0.10714 0.03571 0.07143 0.21429 1 0.61905 0.38095 0.5 0 0.5 0 0.78571 0.21429 0.77778 0.11111 0 0 0.11111 0 0.4375 0.0625 0.25 0.0625 0.0625 0.125 0.45833 0.16667 0.20833 0.16667 0.41176 0.14706 0.17647 0.26471 0 1 0 1 0 0 Providencia stuartii MRSN 2154 0.34043 0.12766 0.34043 0.19149 0 0 0.65217 0.34783 0.71875 0.28125 0.61538 0.38462 0.60976 0.31707 0.02439 0.04878 0.5 0.5 0.45455 0.54545 0 0.76471 0.23529 0.2069 0.2069 0.17241 0 0.06897 0.34483 1 0.6 0.4 0.33333 0 0.58333 0.08333 0.53846 0.46154 0.68421 0.31579 0 0 0 0 0.4375 0.0625 0.375 0 0.0625 0.0625 0.375 0.20833 0.29167 0.125 0.31429 0.22857 0.08571 0.37143 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Ralstonia pickettii 12J 0.11321 0.37736 0.22642 0.28302 0 1 0.14286 0.85714 0.66667 0.33333 0.08333 0.91667 0.19565 0.76087 0 0.04348 0.42857 0.57143 0.1875 0.8125 0 0.05882 0.94118 0 0.04 0 0.28 0 0.68 1 0.07143 0.92857 0 0 0 1 0.27778 0.72222 0.33333 0.66667 0 0 0 0 0.05263 0.10526 0 0.52632 0 0.31579 0 0.52 0.04 0.44 0.06818 0.36364 0.02273 0.54545 1 0.25 0.75 0 0 1 Rhodococcus equi 103S 0.11321 0.41509 0.01887 0.45283 0 1 0.11111 0.88889 0.07143 0.92857 0 1 0.31579 0.54386 0.10526 0.03509 0 1 0 1 0 0 1 0 0.03125 0.03125 0.625 0 0.3125 1 0 1 0.04167 0.25 0 0.70833 0 1 0.3913 0.56522 0 0.04348 0 0 0 0.39286 0 0.39286 0 0.21429 0.05556 0.33333 0 0.61111 0.02564 0.74359 0.02564 0.20513 0 0 1 0 0 1 Rickettsia conorii str. Malish 7 0.46512 0.11628 0.39535 0.02326 0 1 0.73077 0.26923 0.87097 0.12903 0.66667 0.33333 0.51282 0.17949 0.20513 0.10256 1 0 0.59459 0.13514 0.27027 0.95652 0.04348 0.4375 0 0.25 0.03125 0.1875 0.09375 1 0.80556 0.19444 0.33333 0.11111 0.16667 0.38889 0.92308 0.07692 0.26667 0.13333 0 0.06667 0.53333 0 0.31034 0.03448 0.27586 0.03448 0.2069 0.13793 0.35484 0.25806 0.19355 0.19355 0.51613 0 0.48387 0 1 0.5 0.5 0 1 0 Rothia dentocariosa 0.37097 0.16129 0.37097 0.09677 0 0 0.56667 0.43333 0.63636 0.36364 0.46154 0.53846 0.5102 0.36735 0.08163 0.04082 0.33333 0.66667 0.56 0.44 0 0.57143 0.42857 0 0.21875 0.21875 0.3125 0.09375 0.15625 1 0.33333 0.66667 0.25 0.4375 0.0625 0.25 0 1 0.55 0.35 0.05 0.05 0 0 0.33333 0.28571 0.09524 0.2381 0.04762 0 0.42857 0.47619 0.04762 0.04762 0.32432 0.32432 0.13514 0.21622 0 0.5 0.5 1 0 0 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 0.16667 0.10417 0.14583 0.58333 0 0 0.33333 0.66667 0.74074 0.25926 0.46154 0.53846 0.35714 0.59524 0.04762 0 0.33333 0.66667 0.36364 0.63636 0 0.5625 0.4375 0.03333 0.13333 0.03333 0.03333 0.03333 0.73333 1 0.3125 0.6875 0.21429 0.07143 0.14286 0.57143 0.21429 0.78571 0.66667 0.33333 0 0 0 0 0.33333 0.33333 0 0.16667 0 0.16667 0.12 0.68 0.04 0.16 0.26316 0.21053 0.02632 0.5 0 0.66667 0.33333 1 0 0 Serratia rubidaea 0.06667 0.4 0.06667 0.46667 0 1 0.32 0.68 0.82759 0.17241 0.30769 0.69231 0.39024 0.56098 0.02439 0.02439 0.25 0.75 0.3913 0.6087 0 0.52941 0.47059 0 0.06897 0 0.03448 0.03448 0.86207 1 0.27778 0.72222 0.25 0 0.125 0.625 0.13333 0.86667 0.55556 0.44444 0 0 0 0 0.23077 0.38462 0.15385 0.07692 0 0.15385 0.04545 0.86364 0.04545 0.04545 0.18919 0.16216 0.13514 0.51351 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Shigella flexneri 2a str. 301 0.31915 0.04255 0.25532 0.38298 0 0 0.52 0.48 0.73077 0.26923 0.5 0.5 0.45455 0.43182 0.04545 0.06818 0.66667 0.33333 0.22727 0.77273 0 0.58824 0.41176 0 0.10714 0.07143 0 0 0.82143 1 0.52941 0.47059 0.13333 0 0.33333 0.53333 0.35714 0.64286 0.52941 0.47059 0 0 0 0 0.58333 0.25 0 0 0 0.16667 0.33333 0.41667 0.125 0.125 0.29268 0.21951 0.19512 0.29268 0 0.33333 0.66667 1 0 0 Staphylococcus aureus 0.43902 0.02439 0.4878 0.04878 0 0 0.52174 0.47826 0.83333 0.16667 0.71429 0.28571 0.68293 0.09756 0.21951 0 1 0 0.51852 0.44444 0.03704 0.89474 0.10526 0.85714 0.04762 0.09524 0 0 0 1 0.63636 0.36364 0.33333 0 0.66667 0 1 0 0.47368 0.05263 0.05263 0 0.42105 0 0.5 0 0.28125 0 0.09375 0.125 0.53571 0 0.42857 0.03571 0.46875 0.09375 0.375 0.0625 0 0 0 1 0 0 Stenotrophomonas maltophilia 0.06452 0.54839 0.08065 0.30645 0 1 0.10714 0.89286 0.55 0.45 0.07692 0.92308 0.12766 0.87234 0 0 0.33333 0.66667 0 1 0 0 1 0 0 0 0.03333 0 0.96667 1 0.21053 0.78947 0 0.05882 0 0.94118 0 1 0.27273 0.72727 0 0 0 0 0.05882 0.17647 0 0.52941 0 0.23529 0.04 0.96 0 0 0.07895 0.21053 0 0.71053 0 0 1 0 0 1 Streptococcus pneumoniae R6 0.01754 0.45614 0.08772 0.4386 0 0 0.10345 0.89655 0.13333 0.86667 0 1 0.2 0.73333 0 0.06667 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0.36364 0.0303 0.60606 1 0 1 0 0.25 0 0.75 0 1 0.16667 0.625 0.04167 0.16667 0 0 0 0.4375 0 0.4375 0 0.125 0 0.8125 0 0.1875 0.05405 0.51351 0.05405 0.37838 0 0 1 0 0 1 Tropheryma whipplei str. Twist 0.18182 0.29545 0.27273 0.25 0 0 0.89655 0.10345 0.45455 0.54545 1 0 0.45652 0.21739 0.15217 0.17391 0.66667 0.33333 0.4 0.12 0.48 0.45455 0.54545 0.02941 0.11765 0.23529 0.29412 0.08824 0.23529 1 0.90909 0.09091 0.14286 0.21429 0.42857 0.21429 0.33333 0.66667 0.125 0.4375 0.125 0 0.1875 0.125 0.38889 0.05556 0.16667 0.05556 0.11111 0.22222 0.15789 0.36842 0.21053 0.26316 0.52778 0.19444 0.05556 0.22222 0 0.33333 0.66667 0 1 0 Vibrio alginolyticus NBRC 15630 = ATCC 17749 0.40385 0.07692 0.30769 0.21154 0 0 0.53846 0.46154 0.73333 0.26667 0.81818 0.18182 0.7381 0.2381 0 0.02381 0.33333 0.66667 0.4 0.56 0.04 0.5 0.5 0.03704 0.14815 0.2963 0.07407 0.2963 0.14815 1 0.6 0.4 0.25 0 0.4 0.35 0.65 0.35 0.66667 0.13333 0.06667 0 0.13333 0 0.43478 0.08696 0 0.08696 0.13043 0.26087 0.48148 0.07407 0.25926 0.18519 0.42105 0.10526 0.28947 0.18421 0 1 0 1 0 0 Yersinia pestis CO92 0.32609 0.13043 0.19565 0.34783 0 1 0.44 0.56 0.82759 0.17241 0.53846 0.46154 0.64286 0.28571 0 0.07143 0.5 0.5 0.31818 0.68182 0 0.61111 0.38889 0.10345 0.24138 0.03448 0 0.10345 0.51724 1 0.5625 0.4375 0.6 0.06667 0.13333 0.2 0.27273 0.72727 0.5 0.5 0 0 0 0 0.30769 0.23077 0.30769 0 0.07692 0.07692 0.12 0.56 0.2 0.12 0.35135 0.21622 0 0.43243 0 0.66667 0.33333 1 0 0