аЯрЁБс > ўџ ўџџџ џџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџьЅС №П - bjbjcTcT 4@ > > - џџ џџ џџ З з з з з з џџџџ ы ы ы ы џ ы m 0 ( Ћ Ћ Ћ Ћ Ђ ? ^ з з з Ћ Ћ л ' а а а њ з Ћ з Ћ а а а а Ћ џџџџ №n УэЪ ы
а ќ = 0 m а F а з а , а а m џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ џџџџ : Table S1. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) that define the various M. africanum lineages, based on ADDIN EN.CITE Hershberg200819519519517Hershberg, R.Lipatov, M.Small, P. M.Sheffer, H.Niemann, S.Homolka, S.Roach, J. C.Kremer, K.Petrov, D. A.Feldman, M. W.Gagneux, S.High Functional Diversity in Mycobacterium tuberculosis Driven by Genetic Drift and Human DemographyPLoS BiolPLoS Biole3116122008/12/192008Dec 161545-7885 (Electronic)19090620http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=19090620260272308-PLBI-RA-2811 [pii]
10.1371/journal.pbio.0060311Eng[23] and ADDIN EN.CITE Comas200923723723717Comas, I.Homolka, S.Niemann, S.Gagneux, S.Division of Mycobacterial Research, Medical Research Council, National Institute for Medical Research, London, UK.Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologiesPLoS OnePLoS ONEe78154112009/11/1720091932-6203 (Electronic)19915672http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=1991567210.1371/journal.pone.0007815eng[15]. LineageSNP NameRv NumberSNP TypePositionWild type (H37Rv) Base PairMutant Bas PairCodonWild Type (H37Rv)Amino AcidMutant Amino AcidLSPSpoligo LineageM. africanum West African 1 (MAF1)Rv0006_2265s0006S2265taCtaT0755TyrTyrRD711AFRI2Rv0410c_1993n0410cN1993GccAcc0665AlaThr Rv0413_0511n0413N0511GtgTtg0171ValLeu Rv0467_1224s0467S1224acCacT0408ThrThr Rv1980c_0128n1980cN0128aTtaAt0043IleAsn Rv2030c_0061n2030cN0061CgcAgc0021ArgSer Rv2450c_0049s2450cS0049TtgCtg0017LeuLeu Rv2628_0286n2628N0286GcgAcg0096AlaThr Rv2687c_0322n2687cN0322GtgTtg0108ValLeu Rv2949c_0092n2949cN0092gTtgGt0031ValGly Rv2957_0447n2957N0447ttCttA0149PheLeu Rv3132c_0019n3132cN0019GtcAtc0007ValIle Rv3547_0144s3547S0144ctGctT0048LeuLeu Rv3547_0337n3547N0337GacAac0113AspAsn M. africanum West African 2 (MAF2)Rv0288_0211n0288N0211GcgTcg0071AlaSerRD702AFRI1Rv0407_0886n0407N0886AagGgg0296LysGlu Rv0410c_2207n0410cN2207aCgaAg0736ThrLys Rv0429c_0231s0429cS0231cgCcgA0077ArgArg Rv1305_0207s1305S0207gcGgcT0069AlaAla Rv2030c_1569s2030cS1569caTcaC0523HisHis Rv2185c_0351s2185cS0351ccCccA0117ProPro Rv2744c_0689n2744cN0689cGgcAg0230ArgGln Rv2744c_0755n2744cN0755cCccTc0252ProLeu Rv2875_0510s2875S0510gtCgtT0170ValVal Rv3589_0710n3589N0710gCcgAc0237AlaAsp "Uganda" genotypeRv0006_0238n0006N0238AccGcc0080ThrAlaRD724T2Rv0040c_0619n0040cN0619GacAac0207AspAsn Rv2949c_0375s2949cS0375ttCttT0125PhePhe
I U ^ i j ! V W [ \ ] ^ m і $ ( ) * ^ e f Ы Э Ю ў 3 5 6 h j k а в ьлЧлЙЇЙЇЇЙЇЙЇЇЙьллЧлЙлЙлЧлЧльльлльльльл)h>RЁ hbл B*CJ OJ QJ ^J aJ ph %hbл CJ OJ QJ ^J aJ mH nH u#j hbл CJ OJ QJ U^J aJ hbл CJ OJ QJ ^J aJ &h>RЁ hbл 6CJ OJ QJ ]^J aJ h>RЁ hbл CJ OJ QJ ^J aJ &h>RЁ hbл 5CJ OJ QJ \^J aJ 2 ^ ` b d e m v і ъ ъ ъ Z ъ ъ ъ ъ ъ kd $$If l fж\ [њ!|$n(&-#џџџџџџџџ џџџџ 'џџџџџџџџ џџџџ 'pџџџџџџџџ џџџџ 'ђџџџџџџџџ џџџџі.і і жџџџџџџџџџџџџџџџџжџџџџџџџџџџџџџџџџж џ џ џ џжџџџџџџџџџџџџџџџџ4ж 4ж
l aіЧњpж( џ џ џ џ џ џ џ џ ytbл $$If a$gdbл $If gdbл
Ў О Ф р ђ і * 7 < > C G K P T X ^ d e f t z | ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ю ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ щ р ѓ ѓ ѓ ѓ $If gdbл FfD FfШ $$If a$gdbл
Ј Џ Д И М С Х Щ Ы Ь Э Ю л р т ч ы ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ю ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ щ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ FfF FfЩ $$If a$gdbл ы я є ј ќ ў џ $ ) - 1 3 4 5 6 D J L Q U Y ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ю ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ щ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ Ff: FfР $$If a$gdbл Y ^ b f h i j k y В Д Й Н С Ц ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ю ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ щ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ Ff." FfД $$If a$gdbл Ц Ъ Ю а б в г с ч щ ю ђ і ћ џ # ' + 0 4 ѓ ѓ ѓ ѓ ю ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ щ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ ѓ Ff"+ FfЈ&