letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 183 E= 3.5e-021
0.453552 0.125683 0.054645 0.366120 
0.114754 0.000000 0.060109 0.825137 
0.142077 0.005464 0.098361 0.754098 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 
0.644809 0.016393 0.087432 0.251366 
0.071038 0.065574 0.000000 0.863388 
0.038251 0.000000 0.038251 0.923497 
0.000000 0.000000 0.912568 0.087432 
0.256831 0.557377 0.010929 0.174863 
0.540984 0.060109 0.016393 0.382514 
0.060109 0.169399 0.000000 0.770492 
0.191257 0.180328 0.256831 0.371585