[Figure S9. Amino acid and nucleotide alignments of 18 Vir components across 13 Rickettsia genomes.] [NOTE: This file is best viewed with a text editor with unlimited margins, such as Text Wrangler or BBEdit Lite.] ******************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** #nexus begin data; dimensions ntax = 13 nchar = 9518; format data = prot gap = - missing = ? interleave = yes; matrix [VirB3; 1-95] [dots = predicted signal peptide; asterisks depict conserved "(GAT)L(ST)RP" and "GV" motifs; H = predicted TMS region; NOTE: this annotation is shown on 3 lines above alignment due to overlap; See Figure S6] [ ............................ ] [ ***** ** ] [ HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ] Br 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*********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************W******************************************************************************************************************************************* ] Br 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[VirB6d; 4630-5527] [asterisks above alignment depict the actual VirB6/TrbL domain used in the analysis shown in Figure 5; conserved Trp is shown with a W; See Figure 3] [ **********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************W************************************************************************************************************************************************************ ] Br 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analysis shown in Figure 5; conserved Trp is shown with a W; See Figure 3] [ *************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************W************************************************************************************************************************ ] Br MNRNIFI-TLLI-SLLALSGCSGDTCIDPDDFGFIKFNISSRYDPSEVTSRQEGDQVAPWRDSAYKVNGYPLTIMVRPWDYMSGDKNTSGMLSAWCPWYGQQNNFTTLAEFCVRLRPCQFTDG---KMC-PTPTPR-DAPINNAPCILTNGVGLYFLIADKGSNPNMSPDSQRSPKGITQHLGEPVASQDYEFYSISSTGKFLQAGGINYQYGCTSLPCDQASNYAQSSLYFKILDKFYDDNSGQYRVVIKSGVSDTRPDPLQFLTNLIKNELFGTSDKDPGIVRQTYQQIIETPGYRLSVSALLTLYIMFTGFSFLIGNINMTHVELVVRILKVSVVSILLSTSKAWTFFHDYLFVFFVEGLAQILQIVQDAST----GQSLLSLLISPQTLSKLFSLLFVDPLGFIYIILYLIALYFIFLLIFKATIIYLTALITIGMIITMAPIFICFMLFNITRSLFENWLRQLISYAIQPIILFVGIAFIGMIIKTEIQSTLGFAVCKKDFPDLGPINQIFGSFTEDLDSSIGNSIFYWWFPVPMKGGIENFTQADILVPEDY------TKKDGTK---CLAYQCIDKRYIQLPFLDLVKDANRISNFINGKFVQLDGLLLIFVSIYLLSKFNDTAISTASFIAGTSGNLTSIQAVNQQSYDSIMKQVNRPINYATGVISKP----INRMQEQTSMFFAEKYQGLMMSRLENKALSSSANKAVQNEVKRKYGIDHKDVNMQAGADYKNGISKLLDNKTFLPKGGDLDVKKLATMNFGQLRDEFAKNKYGAKNYSSLTSDQKLELDKFMKSDLGEKGKSAKSLRELASDANFTRDYQSAYKYAHKEMSGRGVGLFGKNIGVLRSWQEMENRMKTKRELKEQKRVAIGEKIYAGYTGLKRDALTAIVGKDLRDKYEGNLTSAEWHDFDYNDPQLRTYSESLKDKERAREVKELQMQINKETLAVQEDILSPEYLARLK---RPSDVEYYQELGQRRLIHEVRDRLSEGSDPVIMGDRFMQEKATDDQMRTMIDNAHQKHAEFIDQDRYTRRQEHYDIMHEKAQENIDRTYKEIKDHFKRDDIKLEEMPALIAQYEREKPIESFDSKTELSLDKRIEEAVSNFNINAKNYEYSASVLNNIEERKQAITDEVNTQIDRINKYRENAKMPQYQKPVENSGRKLRKLEDHLRNMK 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MIELKHNKLDYNLVIMDQLTNAIKEYIKSGEYFIDARKWYNFKYILPLSHRSFLFLTCIIFTLLLTLICLNINILLPIHKKVGYLIKDDSEKQA--TITNTKHSTLANPYIAVANIMLQNYVKQREKYNYDTLKEQFTFIKNASTSIVYMQFANFMNIDNSLSPVIRYQKLYRRSINIISINNINNNEATVTFESLAQNNTGEILENMLWEARIGFIMDSISTSTLQDMTFNFTVTSYKLKLLRNKNQQ Ty ---------------MDQLTNAIKEYIKSGEYFIDARKWYNFKYILPLSHRSFLLLTCTIFTLLLTLIGVNINILLPIQKKVGYLIKDDSEKQA--TITNTKYSTLANPYISVANIMLQNYVKQREKYNYDTLKEQFTFIKNASTSIVYMQFANFMNIDNSLSPVIRYQKLYRRSINIISINNINNNEATVTFESLAQNNTGEILENMLWEAKIGFIMDSISTSTLHNMPFHFIVTSYKLKLLRNKNQQ Fe ---------------MDPLTNAIQEYIKSGEYFIDARKWYNFKYILPLSHRSLLLLICTIFTLLLTLVCININILLPINEKVSYLIKDDAEKQA--TVTNTKHSTLANPYISVANIMLQNYVKQREEYNYDILKEQFTFIKNASTSIVYMQFANFMNIDNPLSPVIRYQKLYRRSINILSINNINDNEAVVTFESLAQNSTGEILENMVWEARIGFIMDSISTSTSPDMPFNFTVTSYKLKLLRNKNQK Ak 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---------------MDPLTNAIQEYIKSGEYFIDARKWYNFKYILPLSHRSLLLLICTIFTLLLTLICISINILLPINKKVNYLIKDDAEKQA--AVTNTKHSTLVKPYISIANIMLQNYVNQREEYNYDILKEQFTFIKNASTSIVYMQFANFMNIDNPLSPVIRYQKLYRRSINILSINNINDNEAVVTFESLAKNSTDAILENMVWEARIGFIMDSISTNTSPNMPFNFTVTSYKLKLLRNKNQK [VirB8b; 6961-7204] ["NPxG" motif shown with asterisks; See Figure 4] [ **** ] Br MLDNIFGFFKSSDKAQNDAKSEQNQ-----ANPLKITQNWYEERADKLIVQRNLLIILLIILLIFMIISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLDDTTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYINARETYNFVDFTTLARTTIRLLSTSNLFYGYLGYIRDKNNDPSLKYQENNTTYLVVKSWSKIASDKYIVRFSVNEATGNQTVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Bo MLDNIFGFFKSSDKAQNDAKSEQNQ-----ANPLKITQNWYEERADKLIVQRNLLIILLIILLIFMIISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLDDTTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYINARETYNFVDFTTLARTTIRLLSTSNLFYGYLGYIRDKNNDPSLKYQENNTTYLVVKSWSKIASDKYIVRFSVNEATGNQTVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Ca -MNNIFGFFKSSNNSQR-VGDTQNQESIKSANPLKITQNWYEERSDKLIVQRNLLIILIIILTIFMVISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGRASVVEPMSSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFTTLARTTIRLLSTSSVYYNYLSYIRNKDFDPILKYKEDNTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Pr -MNNIFGFFKSSNNTQSASGGKQNQENIKSANPLKISQNWYEERSDKLIVQRNLLIILIILLTIFMVISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGRAAVVEPISSSMLTVDESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTVRLFSTSAVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEDNTTFLVIKSWSKIADDKYIVRFSVNETSGSQLVYNKIAVVSYDYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Ty -MNNIFGFFKSSNNTQSGSGGKQNHESIKSTNPLKISQNWYEERSDKLIVQRNLLIILIILLTIFMVISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGRAAVVEPISSSTLTVDESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTVRLFSTSAVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKADNTTFLVIKSWSKIAEDKYIVRFSVNETSGSQLVYNKIAVVSYDYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Fe -MNNIFGFFKSSNNSKSGSGDTQNQESIKSANPLKITQNWYEERSDKLIVQRNLLIILIILLTIFMVISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFAIIARTTIRLFSTSGVYNNYLGYIRNKDFDPTIKYKEDNTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGSQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Ak -MNNIFGFFKSSNNSKSGSGDTQNQESIKSANPLKITQNWYEERSDKLMVQRNLLIILVILLTIFMVVATLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGHASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFTTIARTIIRLFSTSGVYYNYLGYIRNKDFDPTIKYKEDNTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGSQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS Ma -MNNIFGFFKSSNNSQSGSGDTQTQESIKSANPLKITQNWYEERSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVISTLVIAFVVKSKQFDPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTTDESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEENTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDVNPVGFQVNGYRVDDDNS Ri -MNNIFGFFKSSNNSQSGSGDTQTQESIKSANPLKMTQNWYEERSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVIATLVIAFVVKSKQFEPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEANTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDVNPVGFQVNGYRVDDDNS Rw -MNNIFGFFKSSNNSQSGSGDTQTQESIKSANPLKMTQNWYEERSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVIATLVIAFVVKSKQFEPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEANTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDVNPVGFQVNGYRVDDDNS Co -MNNIFGFFKSSNNSQSGAGDTQTQESIKSANPLKITQNWYEERSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVIATLVIAFVVKSKQFEPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEENTTFLVVKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDVNPVGFQVNGYRVDDDNS Si -MNNIFGFFKSSNNSQSGAGDTQTQGSIKSANPLKITQNWYEEQSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVIATLVIAFVVKSKQFEPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEENTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDVNPVGFQVNGYRVDDDNS Af -MNNIFGFFKSSNNSQSGAGDTQTQESITSANPLKITQNWYEERSDKLLVQRNLLIILIILLTIFMVIATLVIAFVVKSKQFEPFVIQLNSNTGRASVVEPISSPVLTADESLTRYFIKKYITARETYNPVDFATIARTTIRLFSTSSVYYNYLGYIRNKDFDPTLKYKEENTTFLVIKSWSKIAADKYIVRFSVNETSGNQLVYNKIAVVSYAYVPMQLTDSELDINPVGFQVNGYRVDDDNS [VirB9a; 7205-7454] [dots depict predicted signal peptide; asterisks depict region of TraO/TraN NMR structure; O = predicted extracellular motif; C = conserved Cys predicted to form Cys-Cys bridge with VirB7; See Figure 5] [ ................... ******************************************OO*************************************C********* ] Br MKQLIIFFTIIFFTLNIFAIRESRPLGQDSRLRVMVYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEQDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNAGGHMQTYIASSATPDLNHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNSEIPGIFAVDDSLRESLVNYRLAPDNPNLVILEQVFPKLAVRKGKKITCIFNESFRAY Bo ----------------------------------MVYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEQDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNAGGHMQTYIASSATPDLNHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNSEIPGIFAVDDSLRESLVNYRLAPDNPNLVILEQVFPKLAVRKGKKITCIFNESFRAY Ca MQQLIIFCTFILLTLDVLALTVSRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSASFASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYHLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Pr MKQLIIFCTFIILTLDIFALTMSRPLGRDPRLRVMIYNPDDVFKFTGYYGYQASIELAQEEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDIRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSTSLASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMIILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNHSFKAY Ty MKPLIIFCTFIILTLDVFALTMSRPLGRDPRLRVMIYNPDDVFKFTGYYGYQASIELAKEEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDIRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSTALASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMIILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNHSFKAY Fe MKQLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSASLASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Ak MKPLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSTSLASPDLTHPEKYNFNYYISGNEEIAPVKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKITCVFNQSFKAY Ma MKQLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMNGHMQTFSAALASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Ri MKQLIIFCTFIILTLDVLALTVSRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSATLASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Rw MKQLIIFCTFIILTLDVLALTVSRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSATLASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Co MKQLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSAALASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Si MKQLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSAALANPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY Af MKQLIIFCTFIILTLDVFALTISRPLGRDPRLRVMTYNPDDVFKFTGYYGYQASIELARDEEIVSISMGDTTSWQIVPAGHRIFIKPMEPDATTNMTLITNKRTYFFELYAAETLDMRDPEMVFNVKFLYPDDENDNMSGHMQTFSAALASPDLTHPEKYNFNYYISGSEEIAPIKIFDDGEFTYLQFRDKNAEISGIFAVDDSLRESLVNYRLAQDNPNMVILEQVFPKLAIRKGKKVTCVFNQSFKAY [VirB9b; 7455-7616] [dots depict predicted signal peptide; asterisks depict region of TraO/TraN NMR structure; See Figure 5] [ ...................... *********** ] Br MIIVRFCFLIFIYLSGLIANADCPLLENDPCSNISNN-YLDDLSITRDNRIQTYIYNPNEVYLLTLHFGFQAHIEFAKNEEVQNIILGDAYAWKLTPIGNRLFIKPLEKYIRTNMTIITNKRTYEFDISSVELMEGHEKELVYVIKFDYSKNRTSNNYMARY Bo MIIVRFCFLIFIYLSGLIANADCPLLENDPCSNISNN-YLDDLSITRDNRIQTYIYNPNEVYLLTLHFGFQAHIEFAKNEEVQNIILGDAYAWKLTPIGNRLFIKPLEKYIRTNMTIITNKRTYEFDISSVELMEGHEKELVYVIKFDYSKNRTSNNYMARY Ca MTIVRFCFLVFGLFSSFISQAKCPLIEEDPYSNSSNNYYVDDLSITKDNRIKTYIYNPNEVYLLVLHFGFQSHIEFAKNEEIKNIILGDSYAWKITPLANRLFIKPLEKDIRTNMTIITNKRTYEFDIASTELMMGNERDLVYVIKFYYPKK--NSNYMVRF Pr 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*****************************************************************************************************************************************************************..............................................................................***************..........********************************* ] Br MAEEQNN-----NSSLSGADTPEVQKELSKVSVSFNKSIAIVVVICGILIYIFYSLFFAPKKEEIQNTNIPSNIVKPVEDNSDNVPEIPKLPDPPKLETPT--A---PPPPPTVEVPPVLPPTTPVETDKSKTLPAPPILLPSTNEPLVESDEEKKRKQAKRTSSIVLVSGVEPKKTAEQVAADAVFKDRGDMSLILGRGKLIEAVLETAINSDLGGEIRAIISRDVYSEKDKIILIPKGSKVFGKYATSTSADSYGRVSVIWDRIDLTNGYTIAFDSPAVDNLGRPGVQGRVDNKYKEQFANSVLQSAFNIGIAKVLDKLVPPPINSQAAATNSAIATQLLNTAQTISQNTSLDPNTRIVTICTNVLAAITDKTSTAYTTMTQACTTAQDASSANTPEQRLATLVQAVNTAASSLLTSTSIASNPTQAQQASTQAFTDITNTVQNMITQQQFKPTTTINQGTPIKIYVNKDYKFPATVLTKSKVVK Bo 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MAEEQNN--N-DTGSLSGADAPEVQRELSKVSVSFNKSIAIVVVICGIFIYIFYTLFFANKKEEISETQVPTNIVKPVTDVDDNIPEIPKLPDPPKLETPT--APP-PPPPPVVEVPPVLPPTTPVEENKDKTLPLPPVSLPSTSGTLVESDAEKQRREAKRKSAIVLVGGVEPKKTQEQITTEATFKDRGDMSLVLGRGKLIDAVLETAINSDLGGEIRAIISRDVFSEKDKVILIPKGSKIFGKYATSTDSSSYGRVSIIWDRIDLTNGYTIEFDSPAVDNLGRPGLQGRVDNKYKEQFANAVLQSGFNIGLAKVLDKLVPPPIDSQAAATNSATATQLLNTAQTIAANTAMDANTRIVTICTNILAAITDKTSTAYTTMTQACTTAQTASSANTAEQRLQTLVQAVNTAASSLLTTTSIASTPTQAQQASTQAFTDVTNVVQNMITQQPFKPTTTVNQGTPVRIYVNKDYKFPKAVLLKSKVMK Ak MAEEQNNNDNNNSGSLSGADAPEVQRELSKVSVGFNKSIAIVVVICGIFIYIFYTLFFATTKEEIPETQVPTNIVKPVTDVDDNIPEIPKLPDPPKLETPT--APP-PPPPPVVEVPPVLPPTTPVEGKTDKTLPLPPVSLPSTSGTLVESDAEKKRREAKRKSAIVLVAGVEPKKTPEQITAEATFKDRGDMSLVLGRGKLIDAVLETAINSDLGGEIRAIISRDVFSEQDKVILIPKGSKIFGKYATSTSSDSYGRVSVIWDRIDLTNGYTIEFDSPAVDNLGRPGLQGRVDNKYKEQFANAVLQSGFNIGLAKVLDRLVPPPIDSQAAATNTATATQLLNTTQTIASNTAMDANTRIVTICTNILAAITDKTSTAYTTMTQACTTAQNASSANTAEQRLQTLVQAVNTAASSLLTTTSIASTPTQAQQASTQAFADVTNVVQNMITQQQFKPTTTVNQGTPVRIYVNKDYKFPKAVLLKSKVMQ Ma 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MAEEQNN--NHNTGSLSGADFPEVQRELSKVSVSFNKSIAIVVVICGIFIYIFYTLFFGTEKEEIPETQIPSNIVKPVTEVDDNIPEIPKLPDPPKLETPT--APPLPPPPPVVKVPPVLPPTTPVEENKNKTLPLPPVSLPSTSGTLVESDAEKQRREAKRKSAIVLIGGVEPKKTPEQITAETTFKDRGDMSLVLGRGKLIDAVLETAINSDLGGEIRAIISRDVFSEKDKVILIPKGSKIFGKYATSTSSDSYGRVSIIWDRIDLTSGYTIEFDSPAVDNLGRPGLQGRVDNKYKEQFANAVLQSGFNIGLAKVLDKLVPPPIASQAAATNSATAKQLLNTAQTIASNTAMDANTRIVTICTNILAAITDKTSTAYTTMTQACTTAQTASSANTAEQRLQTLVQAVNTAASSLLTTTSIASTPTQAQQASTQAFTDVTNVVKNMITQQQFKPTTTVNQGTPVRIYVNKDYKFPKAVLLKSKVMK Af MAEEQNN--NHNTGSLSGVDSPEVQRELSKVSVSFNKSIVIVVVICGIFIYIFYTLFFGTAKEEIPETQIPSNIVKPVTEVDDNIPEIPKLPDPPKLETPT--APP-PPPPSVVKVPPVLPPTTPVEENKDKTLPLPPVSLPSTSGTLVESNAEGQRREAKRKSAIVLIGGVEPKKTPEQITAETTFKDRGDMSLVLGRGKLIDAVLETAINSDLGGEIRAIISRDVFSEKDKVILIPKGSKIFGKYATSTSSDSYGRVSIIWDRIDLTSGYTIEFDSPAVDNLGRPGLQGRVDNKYKEQFANAVLQSGFNIGLAKVLDKLVPPPIASQAAATNSATAKQLLNTAQTIASNTAMDANTRIVTICTNILAAITDKTSTAYTTMTQACTTAQTASSANTAEQRLQTLVQAVNTAASSLLTTTSIASTPTQAQQASTQAFTDVTNVVKNMITQQQFKPTTTVNQGTPVRIYVNKDYKFPKAVLLKSKVMK [VirB11; 8104-8437] [A = Walker A box; D = Asp box; B = Walker B box; H = His box; See Figure S3] [ AAAAAAAAA DDDDDDDDDDDD BBBBBBBBBBBBBBB HHHHHHHHHHHHH ] Br MSDAFAALETFLLPFKELFAEDGINEIMVNKPGEAWVEKKGDIYSKQLPELDAEHLLSLGRLVAQSTEQMISEEKPLLSATLPNGYRIQIVFPPACEIGQIIYSIRKPSGMNLTLDEYAKMGAFDETATESLVDQDEIILNGYLAEKKIKEFIKHAVISKKNIIISGGTSTGKTTFTNAALTEIPQLERLITVEDAREVVLSSHPNRVHLLASKGGQGRANITTQDLIEACLRLRPDRIIVGELRGKEAFSFLRAINTGHPGSISTLHADSPAMAIEQLKLMVMQADLGMPPEEVKKYILTVVDIVVQLKRGSGGKRYVSEVYYKKNKNAEGMV Bo MSDAFAALETFLLPFKELFAEDGINEIMVNKPGEAWVEKKGDIYSKQLPELDAEHLLSLGRLVAQSTEQMISEEKPLLSATLPNGYRIQIVFPPACEIGQIIYSIRKPSGMNLTLDEYAKMGAFDETATESLVDQDEIILNGYLAEKKIKEFIKHAVISKKNIIISGGTSTGKTTFTNAALTEIPQLERLITVEDAREVVLSSHPNRVHLLASKGGQGRANVTTQDLIEACLRLRPDRIIVGELRGKEAFSFLRAINTGHPGSISTLHADSPAMAIEQLKLMVMQADLGMPPEEVKKYILTVVDIVVQLKRGSGGKRYVSEVYYKKNKNAEGMV Ca 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MEWHKILKVTRNIFGHAIIHPVVIFCTIWISGAFVAIFTNEVGALGVNINAINIAYKWAYWLINVWGQLKISDYNYLKLKLLASFLSPAIIVIIFYIKNFERIKSLQFFKQDEKVYGDASWANPSDIEAAGLRSKKGMLIGVDAGGYFVADGFQHALLFAPTGSGKGVGFVIPNLLFWSDSVVVHDIKLENHGLTSGWREKQGQKVFVWEPSNPDGVTHCYNPIDWVSTKPGQMVDDVQKISNLIMPEKDFWNNEARSLFLGVTLYLIADPTKTKSFGEVVRTMRSDDVVYNLAVVLDTLGGVIHPVAYMNIAAFLQKADKERSGVISTMNSSLELWANPLIDSATASSDFNIQEFKKVKTTVYVGLTPDNIQRLQKLMQVFYQQATEFLSRKMPDLKEEPYGVMFLLDEFPTLGKMDTFKAGIAYFRGYRVRLFLIIQDTQQLKGTYEDAGMNSFLSNATYRITFAANNYETANLISQLVGNKTVEQRSFSKPLFFDLNIATRTQNVSQVQRALLLPQEVIQLPRDEQIVLIESFPPIKSRKIKYYEDKFFTSRLLPPTFVPTQVPFDPRANNNEASEETETITV-PENNE Co MEWHKILKVTRNIFGHAIIHPVVIFCTIWISGAFVAIFTNEVGALGVNINAINIAYKWAYWLINVWGQLKIADYNYLKLKLLASLLSPAIIVIIFYIKNFERIKSLQFFKQDEKVYGDASWANPSDIEAAGLRSKKGMLIGVDAGGYFVADGFQHALLFAPTGSGKGVGFVIPNLLFWSDSVVVHDIKLENHGLTSGWREKQGQKVFVWEPSNPDGVTHCYNPIDWVSTKPGQMVDDVQKISNLIMPEKDFWNNEARSLFLGVTLYLIADPTKTKSFGEVVRTMRSDDVVYNLAVVLDTLGGVIHPVAYMNIAAFLQKADKERSGVISTMNSSLELWANPLIDSATASSDFNIQEFKKVKTTVYVGLTPDNIQRLQKLMQVFYQQATEFLSRKMPDLKEEPYGVMFLLDEFPTLGKMDTFKAGIAYFRGYRVRLFLIIQDTQQLKGTYEDAGMNSFLSNATYRITFAANNYETANLISQLVGNKTVEQRSFSKPLFFDLNIATRTQNVSQVQRALLLPQEVIQLPRDEQIVLIESFPPIKSRKIKYYEDKFFTSRLLPPTFVPTQVPFDPRANNNGASEETETITV-PENNE Si MEWHKILKVTRNIFGHAIIHPVVIFCTIWISGAFVAIFTNEVGALGVNINAINIAYKWAYWLINVWGQLKIADYNYLKLKLLASLLSPAIIVIIFYIKNFERIKSLQFFKQDEKVYGDASWANPSDIEAAGLRSKKGMLIGVDAGGYFVADGFQHALLFAPTGSGKGVGFVIPNLLFWSDSVVVHDIKLENHGLTSGWREKQGQKVFVWEPSNPDGVTHCYNPIDWVSTKPGQMVDDVQKISNLIMPEKDFWNNEARSLFLGVTLYLIADPTKTKSFGEVVRTMRSDDVVYNLAVVLDTLGGVIHPVAYMNIAAFLQKADKERSGVISTMNSSLELWANPLIDSATASSDFNIQEFKKVKTTVYVGLTPDNIQRLQKLMQVFYQQATEFLSRKMPDLKEEPYGVMFLLDEFPTLGKMDTFKAGIAYFRGYRVRLFLIIQDTQQLKGTYEDAGMNSFLSNATYRITFAANNYETANLISQLVGNKTVEQRSFSKPLFFDLNIATRTQNVSQVQRALLLPQEVIQLPRDEQIVLIESFPPIKSRKIKYYEDKFFTSRLLPPTFVPTQVPFDPRANNNGAAEETETITV-PENNE Af MEWHKILKVTRNIFGHAIIHPVVIFCTIWISGAFVAIFTNEVGALGVNINAINIAYKWAYWLINVWGQLKITDYNYLKLKLLASLLSPVIIVIIFYIKNFERIKSLQFFKQDEKVYGDASWANPSDIEAAGLRSKKGMLIGVDAGGYFVADGFQHALLFAPTGSGKGVGFVIPNLLFWSDSVVVHDIKLENHGLTSGWREKQGQKVFVWEPSNPDGVTHCYNPIDWVSTKPGQMVDDVQKISNLIMPEKDFWNNEARSLFLGVTLYLIADPTKTKSFGEVVRTMRSDDVVYNLAVVLDTLGGVIHPVAYMNIAAFLQKADKERSGVISTMNSSLELWANPLIDSATASSDFNIQEFKKVKTTVYVGLTPDNIQRLQKLMQVFYQQATEFLSRKMPDLKEEPYGVMFLLDEFPTLGKMDTFKAGIAYFRGYRVRLFLIIQDTQQLKGTYEDAGMNSFLSNATYRITFAANNYETANLISQLVGNKTVEQRSFSKPLFFDLNIATRTQNVSQVQRALLLPQEVIQLPRDEQIVLIESFPPIKSRKIKYYEDKFFTSRLLPPTFVPTQVPFDPRANNNGASEETETITV-PENNE [VirB1; 9030-9323] [dots = predicted signal peptides; asterisks depict conserved regions important for enzymatic activity; E = essential Glu; P = region analogous to VirB1*; See Figure 6] [ .................................................................................. ******E***** ******* ******* PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP ] Br -------------------------------------------------------------MFVKLLIFTIPYIFFSSIAIADPEIAESLKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHKTRNLRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVNFVRKEIIRGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLDQAFEPNNNIRYGAEFLRSKYDQLKNWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHGYLNNSEDILVNKAVVSNNKVQKKPFFTSNKRYKSSIMVPIPVKIN Bo -------------------------------------------------------------MFVKLLIFTIPYIFFSSIAIADPEIAESLKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHKTRNLRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVNFVRKEIIRGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLDQAFEPNNNIRYGAEFLRSKYDQLKNWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHGYLNNSEDILVNKAVVSNNKVQKKPFFTSNKRYKSSIMVPIPVKIN Ca ---------------------------------------LDSGLRGDDIREVRNNVRKWVHDTIIILILLFSFIFFSKPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKQHTTHKIRVVWPWTVNVRGKGYYFNNKREAVRFVRIELIKGNESIDVGCMQINLRHHLEAFNSLEQAFDPNHNIRYGAKFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSANYSLGFQYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLKNNEVVVENKISVNNNKVQKKSLFSSNQRYRSSIMIPIPAKIN Pr MLSLFLPHKISYDKIFILRNSSYFKVNGMVRQYILFHKYTIIGYFLNNVIKPRDNTRQ---VVLRFILLLLSFCFFPNHTIADPEISESLKCSQLFHYFEKKFNIPSNALYSIALKESGKKHSTRKIKVVWPWTVNVEGKGYYFNSKREAINFVRIELIKGRDSIDVGCMQINLRHHLEAFNSLDQAFDPHNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSANHALGVKYKQDVIKIASNMALYKALLFSYLDNNEEALADIMHV-NNKVQKKTLFSSNKRYRSSIMIPIPTKIN Ty ----------------------------MVRQYIISRKYTTIGYFLKHVVKLWDNIRR---ILLYFILLLLSFFLFSNQIIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLYSIALKESGKKHSTRKIKLVWPWTVNVEGKGYYFNSKREAINFVRIALIKGQASIDVGCMQINLKHHLEAFNSLDQAFDPHNNIRYGAAFLRSKYDQLGNWYKAIAHYHSANHSLGGKYKQDVIKIASNMELYKALLFSYRNNNEGALADIMHV-NNKVLKKTLFSSNKRYRSSIMIPIPAKMN Fe --MARKNIMSFPHIIAWIPSRHCERLKGAWQSHKIT--------LLRLLRQLLRNFPR--NDVK---ILLCSFLFFSNPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVKIELIKGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSFEQAFDPNNNVRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPINNNKIQKKSLFSGNKRYRSSIMVPIPAKIN Ak ----LLHKISYGRLVYLIVTQVYFSVGGMV--------WELCQIFLCHSRGSGNDIEECRDDVNTILLLLLSFLFFSNPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTHKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRIELIRGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNVHYGAKFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLRSYLNNNEMALEDTIPINNNKVHKKSLFSSNKRYRSSIMIPVPAKIN Ma ------------MVWELCQNCHCERLQGAWQSSKTIKKFCKSEFFTGLLRQLLRNFPR--NNVKTILLLLLSFILFSKPTIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNMLHSIALKESGKKHTTRKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRIELIKGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIPVPAKIN Ri -----------------------------------------------------------------MLLLLLSFILFSKPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKITLVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRVELIKGRESIDIGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIPVPAKIN Rw ------------MVWELCQNCYCERLQGAWQSSKTIKKFCKSELFTGLLRQLLCNFPL--NDVKTMLLLLLSFILFSKPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKITLVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRVELIKGRESIDIGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIPVPAKIN Co ------------MVWELCQNCYCERLQGAWQSSKTIQKFCKSEFFTGLLRQLLRNFPL--NDVKTILLLLLSFILFSNPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRVELIKGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYSAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIQVPAKIN Si ------------MVWELCQNCYCERLKGAWQSSKTIKKFCKSEFFTGLLRQLLRNFPL--NDVKTILLLLLSFILFSKPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVSFVRVELIKGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIQVPAKIN Af ------------MVWELCQNCYCERLQGAWQSSKTIKKFCKSEFFTGLLRQLLCNFPL--DDVKTILLLLLSFILFSKPAIADPEIAESFKCSKLFPYFEKKFNIPSNTLHSIALKESGKKHTTRKIRVVWPWTVNVEGKGYYFNTKREAVRFVRVELIKGRESIDVGCMQINLRHHLGAFNSLEQAFDPNNNIRYGAEFLRSKYDQLGSWHKAIAHYHSATHSLGFKYKQDVVKIASNMALYKASLHSYLNNNEGALEDTIPVNNNKVQKKSLFSGNKRYRSSIMIQVPAKIN [VirB2; 9324-9458] [dots = predicted signal peptides; See Figure 7] [ .................................................. ] Br -------------MNLRKLNEELIDYNMSLRLLFMVLGLAIITMSMDSLAAASVGDPVGAALCNVILVFRGNTARGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVIVAAIIILFKAPDIVSMVSDSTGNANCGTTSVTS Bo -------------MNLRKLNEELIDYNMSLRLLFMVLGLAIITMSMDSLAAASIGDPVGAALCNVILVFRGNTARGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVIVAAIIILFKAPDIVSMVSDSTGNANCGTTSVTS Ca -----------MNFHIRELNEELINYKLSLRILFTILSVAIIIVAFDSLGS--SSDPVGDTLCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSNCGVS---- Pr --MLIFLEVKYMNFHNRKLDEELIDYNISLRILFTILSVAIIMVAFDSLGS-SVSDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDNNSSSCGVS---- Ty --MLIFLEVKYMNFHNRKLDEELIDYNISLRILFTILSVAIIMVAFDSLAT-SVSDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDNNSSNCGVS---- Fe -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGS-SVGDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSNCGVS---- Ak LNANYFIEVKHMNFPIRKLNEELVDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGS-SVGDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDSNSSNCGVS---- Ma -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGSGNVDDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSSCGVS---- Ri -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGS-NVGDPVGEALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVIVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSNCGVS---- Rw -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGS-NVGDPVGEALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVIVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSNCGVS---- Co -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIIVAFDSLAG-NVGDPVGEALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSNCGVS---- Si -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSVAIIMVAFDSLGG-TVGDPVGEALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDNNSSNCGVS---- Af -----------MNFPIRKLNEELIDYNLSLRILFTILSMAIIMVAFDSLGS--NGDPVGDALCKLIKVFRGNTAKGIAVVGIIVLGIQTLRGKLQWEVALVVVTAIIILFKAPDIVNMVSSDTNSSSCGVS---- [VirB7; 9459-9518] [dots = predicted liproprotein processing site; asterisks depict region of TraO/TraN NMR structure; C = conserved Cys predicted to form Cys-Cys bridge with VirB7; P = residues within "P[ILV]NK" motif; See Figure 8] [ ................... ************************PPP ] Br MLKLFKFGVLLIMLSQLLSCTPSAPYEIKSPCVAAEINDEAELNMNPCVRRPVNSIIDIA Bo MLKLFKFGVLLIMLSQLLSCTPSAPYEIKSPCVAPEINDEAELNMNPCVRRPVNSIIDIA Ca MLKSLKFLLILIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDRSSLSVNPCIRRPVNS-VNIA Pr MLKSLKFLLVFIILAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSVDIDDNSSLSINPCIRRPINA-VNIV Ty MLKSLKFLLVFIMIAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDNSNLSVNPCIRRPINA-LNIV Fe MLKSLKFLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSLSVNPCIRRPVNS-VNIA Ak MLKSLKFLLVLTMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSLSVNPCIRRPVNS-VNMA Ma MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIA Ri MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIV Rw MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIV Co MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIV Si MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSTDIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIV Af MLKSLKLLLVLIMLAQLLSCTPSAPYEIKSPCVSADIDDGSSVSVNPCIRRPVNS-VNIV ; end; Begin sets; Charset VirB3 = 1-95; Charset VirB4a = 96-900; Charset VirB4b = 901-1710; Charset VirB6a = 1711-2956; Charset VirB6b = 2957-3637; Charset VirB6c = 3638-4629; Charset VirB6d = 4630-5527; Charset VirB6e = 5528-6711; Charset VirB8a = 6712-6960; Charset VirB8b = 6961-7204; Charset VirB9a = 7205-7454; Charset VirB9b = 7455-7616; Charset VirB10 = 7617-8103; Charset VirB11 = 8104-8437; Charset VirD4 = 8438-9029; Charset VirB1 = 9030-9323; Charset VirB2 = 9324-9458; Charset VirB7 = 9459-9518; ; end; 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ATGAAGTTATTTAGAACTAGAGCAGCTAAAGAATTAAGATCTAAACAAGAAAGACCAACTTCACATTTTATCCCTTATAAGTGTCATTGGGATAGTAATACTATTTTAACAAAAGATAATTCTTTATTACAAGTTATTAAAATCAACGGATTTTCTTTTGAAACTGCCGATGATGAAGATTTAGACATTAAAAAGAATATTAGAAATGCTTTGCTTAAAAATATGGCTTCTGGAAACATTGTTATGTATTTCCATACTATTAGAAGACGTAAAGCAGTAATATTTGACGATACAGAATTTACTTATGATCCTACCGTAAAAGTACCTAATGATTTTATTACTTATTTAGGGGCAGAGTGGCGTAAGAAACATGCAGGTGCTAGGTCATTTTTTAATGAATTATATATTAGTATTTTATATAAGCCTGATACTGGTGGTGCTGCTATAGTTGAGTATTTTTTAAAGAAGCTTAGACAGAAATCTAATAAAACTGCTTGGGAAAATGACATGAAAGAGATGAAAGAAAATCTTCAAGAAATGTCAACGAGAGTGGTTAATACATTTAGAAGTTATGGAGCAAAATTACTTGGAGTCCGTCAAACACAATCAGGTATCTATTGTGAAATTTTAGAGTTCCTTTCATCTTTAATTAATTGCGGTGATTCACCAGGCCCTATAGCATTACCGCGTGGTACTATTGATGAATATTTACCTACCCATCGATTATTTTTTGATTCTCGTACTATTGAAGTAAGAAGTCCGCTTGGCAAGAAATATGCTGGAATCATCAGTATACTTGAATACGGTCCTAATACTTCTGCAGGAATTTTTGATGGATTTCTACAAATGCCTTTTGAATTTGTTATGACTCAAAGCTTTGTATTTGCTAATAGAACGGTAGCAATTGGTAAAATGAAATTACAACAAAATAGAATGATACAATCCGGGGATAAGGCTACTTCACAAATTGTTGAAATCAATACAGCACTTGATATGGCTACTAGCGGCGATATTGGTTTTGGAGATCATCATTTATCACTTTTATGTTCTGCAAAGAATATTAAAGCTTTAGAAGATATATTATCAATGGCAGCAGTTGAGCTTTCTAATTCAGGAATTCAGCCAGTAAGAGAAAAAGTTAACATGGAACCTAGCTATTGGGGTCAATTACCTGGAAATATGGATTATATAGTGCGTAAATCTACTATAAATACTCTTAATATGGCTAGCTTTGCTTCGCAACATAATTATCCACTCGGTAAAATTAGAGATAATCATTGGGGAGAATATGTTACAGTGCTTGATACAACTTCAGGTACGCCGTTTTATTTTAATTTTCATGTTAGAGATGTGGGGCATACTCTAATTATAGGTCCAACTGGTGCAGGTAAAACAGTACTTATGAATTTCTTATGTGCTGAAGCACAAAAATTCAAACCTCGTATGTTCTTTTTTGATAAAGATCGAGGGGCAGAGATATTTATACGTGCTTTAAATGGAGTTTATACAGTAATTGATCCTGGTTTAAAATGTAATTTTAATCCTTTGCATCTTGAAGATACTAGTGAGAATAGAACGTTTATTTTAGAGTGGCTTCGCGTGCTTGTAACTTCTAACGGTGAAAGTTTAACTGCGCAAGATAATAAAATCTTATCACAAGCTGTAAATGGCAATTTTAGATTAGAAAAAAAAGATAGACGTCTTAGTAACGTTATTGCATTTCTTGGTATTGATACACCAAATAGTTTAGCAAGTAGGATTGCAATGTGGGTTGGTAAAGGTTCACACGCTAAGATATTTGACAATGAAATAGATGATATTGATTTACAAAGAGCAAGAGTATTTGGTTTTGATATGACGGAATTACTTAAAGATCCTGTAAGTCTTGCACCGGTATTGTTATATATTTTCCATCGTATTAATATATCTTTAGATGGACAAAAAACTATGATAGTACTTGATGAGGCATGGGCTTTAATTGATAATCCAGTATTTGCACCTAAGATCAAAGATTGGTTAAAAGTGTTGAGAAAATTAAATACTTTTGTTATATTTGCTACACAAAGTGTAGAAGATGCTGCAAAAAGTAGTATTAGTGATACGTTGATTCAACAAACAGCCACACAGATTTTTTTACCTAATTTAAAAGCTACTGATATTTATCGTAGTGCATTTATGTTAAGTCAGCGCGAATATATTTTAATTAAAACTACCGATCCTACTACACGTTATTTTTTAATAAAACAAGGAATAGATGCCGTAGTTGCTAAAGTTAACTTAGAAGGTATGAATAATATAATTAGTGTTTTATCTGGCAGAGTTGAAACTGTAATGTTGCTTGATCAAATTAGAGATAAATACGGCAATGATCCGGATAAGTGGTTACCTATATTTTATGAAGCAGTTAAAACATTG Ak 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[VirB6e; 16582-20133] Pr 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[VirB8a; 20134-20880] Pr ATGATAGAGTTAAAACACAATAAATTAGATTATAATCTAGTCATTATGGATCAATTAACCAATGCAATAAAAGAATATATAAAATCCGGTGAATATTTTATTGATGCGAGAAAATGGTATAATTTTAAGTATATATTACCGTTAAGTCATAGAAGTTTTCTATTCTTAACATGCATAATTTTCACATTATTATTAACATTAATTTGTCTTAATATCAACATATTGTTACCAATACACAAAAAGGTAGGTTATTTAATAAAAGATGATTCAGAAAAACAAGCT------ACCATTACTAATACTAAACATTCAACATTAGCAAATCCTTATATTGCTGTTGCGAATATTATGCTTCAGAATTATGTAAAACAACGAGAAAAATACAATTATGATACATTAAAAGAACAATTCACTTTTATTAAAAATGCTTCTACGAGTATTGTTTATATGCAATTTGCTAATTTTATGAATATTGATAACTCATTATCACCTGTCATAAGATATCAAAAGCTATATAGACGCTCGATTAATATAATATCAATTAACAATATCAACAATAACGAAGCAACTGTTACTTTTGAATCATTGGCGCAAAATAATACTGGTGAAATTTTAGAAAATATGCTATGGGAAGCAAGAATTGGATTTATAATGGATTCTATCAGTACAAGTACATTACAGGATATGACATTCAATTTTACAGTGACTAGTTACAAGCTAAAATTATTAAGAAATAAAAATCAGCAA Ak 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[VirB11; 24310-25311] Pr 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