About the Authors
- Joelle Amselem
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Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud
* E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)
Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Christina A. Cuomo
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Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud
* E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)
Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Jan A. L. van Kan
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Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud
* E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)
Affiliation Laboratory of Phytopathology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands
- Muriel Viaud
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Contributed equally to this work with: Joelle Amselem, Christina A. Cuomo, Jan A. L. van Kan, Muriel Viaud
* E-mail: joelle.amselem@versailles.inra.fr (J Amselem); cuomo@broadinstitute.org (CA Cuomo); jan.vankan@wur.nl (JAL van Kan); viaud@versailles.inra.fr (M Viaud)
Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Ernesto P. Benito
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Affiliation Departamento de Microbiología y Genética, Centro Hispano-Luso de Investigaciones Agrarias, Universidad de Salamanca, Salamanca, Spain
- Arnaud Couloux
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Pedro M. Coutinho
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Affiliation Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR6098, CNRS – Université de la Méditerranée et Université de Provence, Marseille, France
- Ronald P. de Vries
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Affiliations Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands, CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre, Utrecht, The Netherlands
- Paul S. Dyer
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Affiliation School of Biology, University of Nottingham, Nottingham, United Kingdom
- Sabine Fillinger
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Elisabeth Fournier
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Affiliations Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite, CIRAD – INRA – SupAgro, Montpellier, France
- Lilian Gout
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Matthias Hahn
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Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany
- Linda Kohn
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Affiliation Biology Department, University of Toronto, Mississauga, Canada
- Nicolas Lapalu
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Affiliation Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France
- Kim M. Plummer
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Affiliation Botany Department, La Trobe University, Melbourne, Australia
- Jean-Marc Pradier
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Emmanuel Quévillon
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Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Amir Sharon
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Affiliation Department of Molecular Biology and Ecology of Plants, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel
- Adeline Simon
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Arjen ten Have
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Affiliation Instituto de Investigaciones Biologicas – CONICET, Universidad Nacional de Mar del Plata, Mar del Plata, Argentina
- Bettina Tudzynski
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Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany
- Paul Tudzynski
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Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany
- Patrick Wincker
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Marion Andrew
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Affiliation Biology Department, University of Toronto, Mississauga, Canada
- Véronique Anthouard
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Ross E. Beever
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† Deceased.
Affiliation Landcare Research, Auckland, New Zealand
- Rolland Beffa
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Isabelle Benoit
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Affiliation Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands
- Ourdia Bouzid
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Affiliation Microbiology and Kluyver Centre for Genomics of Industrial Fermentations, Utrecht, The Netherlands
- Baptiste Brault
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Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Zehua Chen
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Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Mathias Choquer
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Affiliations Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Jérome Collémare
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Affiliations Laboratory of Phytopathology, Wageningen University, Wageningen, The Netherlands, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Pascale Cotton
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Etienne G. Danchin
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Affiliation Interactions Biotiques et Santé Plantes, UMR5240, INRA – Université de Nice Sophia-Antipolis – CNRS, Sophia-Antipolis, France
- Corinne Da Silva
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Angélique Gautier
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Corinne Giraud
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Tatiana Giraud
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Affiliation Laboratoire d'Ecologie, Systématique et Evolution, Université Paris-Sud – CNRS – AgroParisTech, Orsay, France
- Celedonio Gonzalez
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Affiliation Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Universidad de La Laguna, Tenerife, Spain
- Sandrine Grossetete
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Ulrich Güldener
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Affiliation Helmholtz Zentrum München, German Research Center for Environmental Health, Institute of Bioinformatics and Systems Biology, Neuherberg, Germany
- Bernard Henrissat
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Affiliation Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, UMR6098, CNRS – Université de la Méditerranée et Université de Provence, Marseille, France
- Barbara J. Howlett
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Affiliation School of Botany, University of Melbourne, Melbourne, Australia
- Chinnappa Kodira
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Current address: 454 Life Sciences, Branford, Connecticut, United States of America
Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Matthias Kretschmer
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Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany
- Anne Lappartient
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Michaela Leroch
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Affiliation Faculty of Biology, Kaiserslautern University, Kaiserslautern, Germany
- Caroline Levis
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Affiliation Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France
- Evan Mauceli
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Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Cécile Neuvéglise
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Affiliation Biologie Intégrative du Métabolisme Lipidique Microbien, UMR1319, INRA – Micalis – AgroParisTech, Thiverval-Grignon, France
- Birgitt Oeser
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Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany
- Matthew Pearson
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Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Julie Poulain
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Nathalie Poussereau
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Hadi Quesneville
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Affiliation Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France
- Christine Rascle
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Julia Schumacher
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Affiliation Molekularbiologie und Biotechnologie der Pilze, Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen, Münster, Germany
- Béatrice Ségurens
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Affiliation GENOSCOPE, Centre National de Séquençage, Evry, France
- Adrienne Sexton
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Affiliation School of Botany, University of Melbourne, Melbourne, Australia
- Evelyn Silva
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Affiliation Fundacion Ciencia para la Vida and Facultad de Ciencias Biologicas, Universidad Andres Bello, Santiago, Chile
- Catherine Sirven
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Affiliation Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Darren M. Soanes
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Affiliation School of Biosciences, University of Exeter, Exeter, United Kingdom
- Nicholas J. Talbot
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Affiliation School of Biosciences, University of Exeter, Exeter, United Kingdom
- Matt Templeton
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Affiliation Plant and Food Research, Mt. Albert Research Centre, Auckland, New Zealand
- Chandri Yandava
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Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Oded Yarden
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Affiliation Department of Plant Pathology and Microbiology, Hebrew University Jerusalem, Rehovot, Israel
- Qiandong Zeng
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Affiliation Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts, United States of America
- Jeffrey A. Rollins
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¶These authors were joint senior authors on this work.
Affiliation Department of Plant Pathology, University of Florida, Gainesville, Florida, United States of America
- Marc-Henri Lebrun
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¶These authors were joint senior authors on this work.
Affiliations Unité de Recherche Génomique – Info, UR1164, INRA, Versailles, France, Biologie et Gestion des Risques en Agriculture – Champignons Pathogènes des Plantes, UR1290, INRA, Grignon, France, Laboratoire de Génomique Fonctionnelle des Champignons Pathogènes de Plantes, UMR5240, Université de Lyon 1 – CNRS – BAYER S.A.S., Lyon, France
- Marty Dickman
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¶These authors were joint senior authors on this work.
Affiliation Institute for Plant Genomics and Biotechnology, Borlaug Genomics and Bioinformatics Center, Department of Plant Pathology and Microbiology, Texas A&M University, College Station, Texas, United States of America
Competing Interests
I have read the journal's policy and have the following conflicts: author Chinnappa Kodira currently works at 454 Life Sciences, Roche. All of the work reported in this manuscript was completed when he was in residence at the Broad Institute. None of the other authors have declared any competing interests.
Author Contributions
Conceived and designed the experiments: J Amselem, C Da Silva, RP de Vries, L Gout, M Hahn, BJ Howlett, L Kohn, M-H Lebrun, J Poulain, N Poussereau, J-M Pradier, E Quévillon, H Quesneville, JA Rollins, A Simon, B Ségurens, JAL van Kan, M Viaud, P Wincker. Performed the experiments: J Amselem, M Andrew, I Benoit, O Bouzid, P Cotton, C Da Silva, A Gautier, C Giraud, M Leroch, C Levis, N Poussereau, J-M Pradier, E Quévillon, C Rascle, B Ségurens, A Sexton, JAL van Kan, M Viaud. Analyzed the data: J Amselem, M Andrew, V Anthouard, EP Benito, Z Chen, M Choquer, J Collémare, A Couloux, PM Coutinho, CA Cuomo, C Da Silva, EG Danchin, RP de Vries, M Dickman, PS Dyer, S Fillinger, E Fournier, T Giraud, C Gonzalez, L Gout, S Grossetete, U Güldener, M Hahn, B Henrissat, BJ Howlett, C Kodira, L Kohn, M Kretschmer, N Lapalu, A Lappartient, M-H Lebrun, M Leroch, C Levis, E Mauceli, C Neuvéglise, B Oeser, M Pearson, KM Plummer, J-M Pradier, E Quévillon, JA Rollins, E Silva, J Schumacher, A Sexton, A Sharon, A Simon, DM Soanes, NJ Talbot, A ten Have, B Tudzynski, P Tudzynski, JAL van Kan, M Viaud, M Templeton, C Yandava, O Yarden, Q Zeng, C Sirven. Contributed reagents/materials/analysis tools: J Amselem, RE Beever, R Beffa, B Brault, CA Cuomo, L Kohn, N Lapalu, H Quesneville, E Quévillon, JA Rollins, M Templeton, P Wincker. Wrote the paper: J Amselem, EP Benito, PM Coutinho, CA Cuomo, RP de Vries, M Dickman, PS Dyer, S Fillinger, E Fornier, L Gout, M Hahn, L Kohn, N Lapalu, M-H Lebrun, KM Plummer, J-M Pradier, JA Rollins, A Sharon, A Simon, A ten Have, B Tudzynski, P Tudzynski, JAL van Kan, M Viaud.